تصاعدت حدة الخلافات بين بغداد وأربيل بسبب الأزمة السورية وتداعياتها، فبينما وجهت الحكومة العراقية إتهامات لحكومة إقليم كردستان بتدريب عناصر من الجيش السوري الحر، قامت بنشر قوات من الجيش والشرطة عند معبر فيشخابور الواقع على الحدود السورية بين محافظتي دهوك، مما دفع قوات البيشمركة التابعة للإقليم بمنع انتشارها وهو ما كاد يفجر نزاعا عسكريا .وعبر رئيس الوزراء العراقي نوري المالكي بصفته القائد العام للقوات المسلحة عن رفضه لموقف إقليم كردستان بمنع القوات الأمنية من الجيش والشرطة من دخول معبر فيشخابور الحدودي بين سوريا والعراق، معتبرا ذلك مخالفة دستورية ''لا تحمد عقباها''. وذكر بيان صادر عن مكتب القائد العام للقوات المسلحة - نشرته وسائل الإعلام العراقية -أن قرار نشر قوات من الجيش والشرطة الاتحادية على مسافة 600 كيلومتر على الحدود المشتركة مع سوريا، جاء لمنع التداعيات السلبية لما يجري فيها على الأوضاع الأمنية في العراق ولم يكن هدفه إقليم كردستان .وشدد البيان على أن ''الحفاظ على سيادة البلاد وحماية الحدود، هما مسؤولية الحكومة الاتحادية حصريا، وليس من صلاحية الإقليم أو المحافظة''.