ألغى الرئيس عبد العزيز بوتفليقة مرسوما سابقا كان وقعه في 09 فيفري 2008 يقضي باستحداث مصلحة مركزية للشرطة القضائية تابعة لمصلحة أمن الجيش، وورد قرار الإلغاء في آخر عدد من الجريدة الرسمية (العدد 54)، تحت مرسوم رئاسي حمل الرقم 12-309. وجاء في نص القرار أن رئيس الجمهورية بناء على الدستور، لا سيما المادة 77 (1 و2 و8) و125 (الفقرة الأولى) منه، وبمقتضى المرسوم الرئاسي رقم 08-52 المؤرخ في 2 صفر عام 1429 الموافق سنة 2008 والمتضمن إحداث مصلحة مركزية للشرطة القضائية للمصالح العسكرية للأمن التابعة لوزارة الدفاع الوطني، يلغي المرسوم الرئاسي المتضمن إحداث هذه المصلحة. وتوكل للمصلحة الملغاة مهام معاينة الجرائم المقررة في قانون العقوبات وقانون القضاء العسكري وجمع الأدلة عنها والبحث عن مرتكبيها "ما لم يفتح تحقيق قضائي بشأنها". وتتفرع هذه المصلحة إلى مصالح جهوية للشرطة القضائية إلى جانب فرق تحريات قضائية متنقلة تسمى باختصار "ف. ت. ق. م ". وتحدد المادة الثالثة من المرسوم الرئاسي للذي استحدثها مهام هذا الجهاز بصفة عامة، على أنها تختص بالمعاينة والبحث وجمع الأدلة إلى جانب البحث عن مرتكبي الجرائم التي تقع تحت طائلة قانون العقوبات والقضاء العسكري، وذلك قبل فتح تحقيقات قضائية بشأنها من طرف الجهات المختصة. أما في حال فتح تحقيق قضائي فإن مصلحة الشرطة القضائية تكلف بتنفيذ تفويضات جهات التحقيق وتلبي طلباتها مع ترك مسألة تحديد تنظيم هذه المصلحة وكذا صلاحياتها لقرار يصدره وزير الدفاع الوطني.