أكد مسؤول عسكري رفيع المستوى في وقت مبكر من صباح الخميس لوكالة "فرانس برس" أن الجيش المصري يحتجز محمد مرسي وهو ما أعلنه في وقت سابق مسؤول من الاخوان المسلمين الذين ينتمي اليهم الرئيس المخلوع، وصرح المسؤول الذي رفض الكشف عن هويته أن مرسي "محتجز بصورة وقائية"، ملمحا الى امكان توجيه اتهامات ضده. ومساء الاربعاء أطاح الرئيس الاسلامي وأعلن تولي رئيس المحكمة الدستورية العليا ادارة البلاد مؤقتا الى حين إجراء انتخابات رئاسية مبكرة مما اثار فرحة عارمة بين مئات الالاف من المصريين المحتشدين في الشوارع. وكان جهاد الحداد المسؤول في الاخوان المسلمين أعلن في وقت سابق أن مرسي وفريقه معتقلون في مبنى عسكري وأن "مرسي فصل عن فريقه ونقل الى وزارة الدفاع"، وكان الحداد صرح ان "مرسي وجميع الفريق الرئاسي هم في الاقامة الجبرية في نادي الحرس الجمهوري". وذكرت صحيفة الاهرام في عددها لليوم الخميس أن قوات الامن المصري امرت باعتقال 300 عضو من الاخوان المسلمين. وكان مصدر أمني مصري أعلن أن قوات الامن اعتقلت ليل الأربعاء إلى الخميس رئيس حزب الحرية والعدالة سعد الكتاتني ونائب المرشد العام للاخوان المسلمين رشاد البيومي، كما أوقفت قوات الامن بث القناة التلفزيونية التابعة للاخوان المسلمين وقامت بتفتيش وغلق مكاتب قناة "الجزيرة مباشر" التي بثت تسجيل فيديو لمرسي يدعو إلى رفض عزله ولو بالقوة.