اتهم زعيم تنظيم القاعدة أيمن الظواهري الولاياتالمتحدة بتدبير إسقاط الرئيس المصري محمد مرسي الذي عزله الجيش بداية جويلية الماضي بعد مظاهرات شعبية. وقال الظواهري في تسجيل صوتي بثته مواقع جهادية إن من وصفهم بالصليبيين والعلمانيين والجيش المتأمرين وفلول الرئيس السابق حسني مبارك وثلة من المنتسبين للعمل الإسلامي مع المال الخليجي والتدبير الأمريكي، اجتمعوا على إسقاط حكومة مرسي. واتهم زعيم القاعدة الأقباط وبطريركهم البابا تواضروس بالسعي لإسقاط مرسي من أجل إنشاء ما أسماها دولة قبطية في جنوب مصر. وأضاف الظواهري أن الأقباط لا يريدون أن يحكم مصر إلا علماني موال لأمريكا حتى يستمروا مع الأمريكيين والإسرائيليين في مخططهم الرامي لتقسيم مصر كما قسم السودان. وتابع أن العلمانيين جاؤوا بما وصفه ب"كبيرهم" محمد البرادعي ليعلن في ذلك الاحتفال وجوب المصالحة الوطنية، مشيرا إلى أن هؤلاء العلمانيين لجؤوا لمن وصفهم بالعسكر المتأمركين ليوصلوهم إلى السلطة بعد أن عجزوا عن الوصول إليها عبر صناديق الانتخابات التي يقدسونها.
وشن الظواهري هجوما ناريا على البرادعي -نائب الرئيس المصري المؤقت- "مدمر العراق"، متهما إياه بأنه "أرسل إلى مصر ليكمل مهمته التدميرية" بعدما تولى لسنوات إدارة الوكالة الدولية للطاقة الذرية التي كانت تحقق، قبل الغزو الأميركي للعراق، في ما إذا كان لدى بغداد برامج للتسلح النووي. كما هاجم الظواهري كلا من حمدين صباحي "سليل الناصرية"، وعمرو موسى "الموظف المباركي المتملق المتسلق" وحزب الوفد "الذي جاء للحكم على حراب القوات البريطانية". كذلك شن زعيم القاعدة هجوما عنيفا على الجيش المصري واصفا إياه ب"الجيش المتأمرك الذي ربته أمريكا بمعونتها ودوراتها واختراقاتها واتصالاتها ومناوراتها، وشرت ذمم قادته لينفذوا أوامرها ويصونوا مصالحها ويحافظوا على أمن ربيبتها إسرائيل". وهاجم الظواهري أيضا كلا من شيخ الأزهر الإمام أحمد الطيب والمدعي العام السابق عبد المجيد محمود ورئيس الوزراء السابق أحمد شفيق، واضعا إياهم جميعا في خانة "فلول مبارك". كما انتقد زعيم القاعدة "طائفة من المنتسبين للعمل الإسلامي" في إشارة الى حزب النور السلفي، آخذا على هذا الحزب "تقديمه التنازلات تنازلا في إثر تنازل"، بدءا بقبوله ب"حاكمية الجماهير بعد أن كان يعتبر ذلك كفرا وشركا"، وصولا إلى المشاركة في "الانقلاب على العمل السياسي الديمقراطي الذي برره بزعم الضرورة". واعتبر الظواهري أن ما حدث يثبت أن ما وصفها بالشرعية ليست في الانتخابات والديمقراطية بل في الشريعة، مؤكدا أن الصراع الحقيقي هو "بين الصليبية والصهيونية من جهة والإسلام من جهة مقابلة"، وأن الحل هو في "نبذ كل الوسائل والسبل التي تتنافى مع حاكمية الشريعة". وتولى الظواهري المصري الجنسية زعامة تنظيم القاعدة في جوان عام 2011 بعد مقتل أسامة بن لادن في عملية نفذتها فرقة كوماندوس أمريكية في باكستان.