قررت شرطة مدينة نيويورك مراقبة الطلاب المسلمين في الجامعات والكليات كجامعة ييل وجامعة بينسلفانيا، بالإضافة إلى مواقع الطلاب الإلكترونية· وراقبت الشرطة الطلاب في الجامعات على نطاق أوسع مما كان معهودا في السابق خارج حدود المدينة، وتكلمت الشرطة مع السلطات المحلية عن الأساتذة في منطقة بفالو التي تبعد 300 ميل عن نيويورك، كما أرسلوا عميلا متخفيا سجل أسماء الطلاب وعدد المرات التي يصلون فيها ضمن وثائق للشرطة· وقام المتحرون بالاطلاع على مواقع الطلاب والأساتذة كل يوم بالرغم من أنهم لم يفعلوا أي شيء مشبوه من قبل، وتمت كتابة أسمائهم في تقارير ضمن ملفات لتقدم لمفوض الشرطة، وعند سؤالهم عن عمليات المراقبة تلك قدم المتحدث الرسمي للشرطة بول براون قائمة بأسماء 12 شخصا تم اعتقالهم أو الاشتباه بهم والذين كانوا من قبل أعضاء في رابطات الطلاب المسلمين والتي أشارت إليها الشرطة بتلك التسمية· وحاول جيسي مورتن الذي أقر بذنبه هذا الشهر بوضع تهديدات على موقعه الإلكتروني موجهة لمبتكر مسلسل (ساوث بارك) الكرتوني لإساءته إلى الدين الإسلامي في إحدى حلقاته بتجنيد أحد المنتمين لجامعة ستوني بروك في منطقة لونغ ايلاند، وقال براون: (نتيجة لتلك الأسباب فقد رأت شرطة نيويورك أنه من المهم الاطلاع أكثر على ما يجري ضمن تلك الرابطات)· وصرح رئيس رابطة الطلاب المسلمين في سيراكوس: (هذا تعدٍ على الحقوق، فلا أحد يريد أن يكون في قائمة ال(أف بي آي) أو شرطة نيويورك، إن الطلاب المسلمين يريدون أن تكون لهم حياتهم الخاصة ويريدون التمتع بجميع الحقوق والفرص مثل أي شخص آخر)· وفي الأشهر الأخيرة كشفت وكالة برامج سرية أنشأتها شرطة نيويورك بالتعاون مع وكالة الأسوشيتد برس الإخبارية للاستخبارات المركزية لمراقبة الطلاب المسلمين في أماكن أكلهم وتسوقهم وصلاتهم، كما نشرت تفاصيل عن تجنيد عملاء سريين في رابطات الطلاب المسلمين في الجامعات· وتسبب هذا الخبر في إثارة غضب هيئات التدريس والطلاب وبالرغم من قول شرطة نيويورك إنها لا تعمل خارج حدود ما يعمل به مكتب التحقيقات الفيدرالي، إلا أن بعض نشاطاتها ذهب إلى ما هو أبعد من ذلك، وفقا لصحيفة (الشرق) السعودية الإثنين· وعلى سبيل المثال عندما رافق عميل متخفي مجموعة من 18 طالبا من رابطة الطلاب المسلمين في 2008 خلال رحلة لممارسة مغامرات التجديف بالقوارب في نيويورك، وذكر في ذلك التقرير (بعيدا عن نشاط مغامرة التجديف فقد صلى الطلاب 4 مرات على الأقل وكانت المناقشات عن الإسلام بطبيعتها)· وقال الطالب جواد رسول إنه فوجئ كثيرا عندما وجد اسمه مدرجا في التقرير، وقال (يجبرني ذلك على التلفت حولي أينما ذهبت)·