حذرت منظمات حقوقية قبطية عديدة من تزايد معدلات هجرة الأقباط بعد وصول الإسلام السياسي للسلطة في مصر وظهور تنظيمات متطرفة، وحددت إحدى هذه المنظمات عدد الذين هاجروا مصر من الأقباط خلال 8 أشهر فقط بنحو 250 ألف. وقالت منظمة ''الإتحاد المصري لحقوق الإنسان'' في بيان نقلته صحيفة الوطن المصرية إنها رصدت منذ أن أعلن الرئيس المصري محمد مرسي عن عودة مجلس الشعب المنحل عشرات المئات من الأقباط يحتشدون أمام السفارات الأجنبية خصوصا الأمريكية والكندية للمطالبة بالحصول على تأشيرة هجرة. وأشارت إلى أنها رصدت هجرة 250 ألف قبطي منذ مارس 2011 وحتى شهر ديسمبر من العام ذاته للهجرة خارج مصر إلا أن النسبة بدأت بالتزايد بشكل مخيف عند وصول الإسلاميين للحكم وظهور ما يسمى ب ''جماعة الأمر بالمعروف والنهى عن المنكر'' وكذا ظاهرة اختفاء القاصرات المسيحيات اللواتي بلغن أكثر من 20 فتاة في أقل من شهرين ولم يعرف مصيرهن حتى الآن حسب المنظمة. وأضافت في بيان إنه إذا استمر الحال كذلك في ''التضييق على المسيحيين وعدم كفالة حرية ممارسة عقائدهم وبناء كنائسهم وحقهم في الوظائف العليا وحرمانهم من التمثيل السياسي المناسب فإن ذلك ينذر بخطر تقلصهم إلى حد الندرة'' مما يخل بالتركيبة السكانية للبلاد ويهدد استقرارها الاقتصادي والاجتماعي، إذ أن من بين هؤلاء الذين تركوا البلاد ومن ينوون تركها الكثير من كبار رجال الأعمال. وطالبت المنظمة الحقوقية من الرئيس المصري المنتمي للإخوان المسلمين بإعادة صياغة التعامل مع المسيحيين على قاعدة المساواة والمواطنة غير المنقوصة. وإزاء تصاعد الأمر وجه المرشح السابق للرئاسيات المصرية حمدين صباحي، نداء للمسيحيين بالبقاء في مصر حيث يأتي ذلك وسط تأكيدات ''الهيئة القبطية الهولندية'' التابعة لمنظمات أقباط مصر بالمهجر على منح البرلمان الهولندي موافقة رسمية على حق اللجوء السياسي للأقباط رغم النفي الرسمي لهولندا عبر سفارتها في القاهرة لهذا الأمر وهو القرار الذي رحب به العديد من المنظمات والنشطاء الأقباط.