الحلقة الثانية الثورة الكوبية وبتاريخ الثامن عشر من جانفي من العام 1959، دخل غيفارا رفقة كل من راؤول كاسترو وفيدل كاسترو العاصمة الكوبية هافانا على رأس قوة مقاتلة من الثوار بلغت ثلاثمائة مقاتل نزلوا من جبال سييرا باتجاه العاصمة الكوبية لاحتلالها والإطاحة بحكم الديكتاتور "باتيستا". فأطاحت بالحكومة وانتصرت الثورة التي جاءت بفيدل كاسترو رئيسا جديدا لكوبا بعد هرب الرئيس الكوبي "باتيستا" لتبدأ حياة جديدة في كوبا ويضحى معها غيفارا مواطنا كوبيا برتبة عقيد ويعين مديرا للمصرف المركزي موازيا مع شغله وزيرا للصناعة وممثلا لكوبا ومتحدثا باسمها في الأممالمتحدة، التي حاول من خلالها (من خلال هذه المناصب) التصدي بكل قوة لتدخلات الولاياتالمتحدة في الشؤون الكوبية، فقرر تأميم جميع المصالح التابعة للدولة بالاتفاق مع كاسترو وكان من نتائج ذلك أن شددت الولاياتالمتحدة الحصار على كوبا وهو ما جعل الحكومة الكوبية تتجه تدريجيا نحو الاتحاد السوفياتي معلنة في الوقت نفسه مساندتها لكل حركات التحرر في كل من شيلي وفيتنام والجزائر وفلسطين. الحرية المطلقة لم تعجب الحياة الجديدة في كوبا الثائر غيفارا، الذي تعوّد على الحركة والتحرر والحرية في الجبال والسهول، فخرج من كوبا وانقطعت أخباره لفترة امتدت سنوات حتى أصبحت الشائعات تقول بوفاة غيفارا وقتله على يد القوات الأمريكية. بحيث ذهب البعض أيضا للقول بأنه وقع في الأسر لدى جهاز السي. أي. إيه الأمريكي. لكن كل هذه الشائعات تبددت حينما بعث غيفارا برسالة إلى الرئيس كاسترو عام 1965 يتخلى فيها نهائيا عن مسؤولياته في قيادة الحزب وعن منصبه كوزير وعن رتبته كقائد وعن وضعه الكوبي مع بقائه حاملا لصفة الثائر، الذي يبحث عن الملاذ الأمن بين الحين والآخر، ومما جاء في تلك الرسالة ما يلي: "هذه رسالة كتبتها بخط يدي أنا الرفيق أرنستو غيفار متوجهة إلى صديقي وزميلي في النضال والثورة القائد فيديل كاسترو، إنني أشعر أني أتممت ما لدي من واجبات تربطني بالثورة الكوبية على أرضها، لهذا أستودعك وأستودع الرفاق وأستودع شعبك الذي أصبح شعبي. أتقدم رسميا باستقالتي من قيادة الحزب ومن منصبي كوزير ومن رتبة القائد ومن جنسيتي الكوبية، لم يعد يربطني شيء قانوني بكوبا. فالثورة تتجّمد إذا ما تجّمد الثوار، والثوار ينتابهم الصقيع حين يجلسون فوق الكراسي، وأنا لا أستطيع أن أعيش ودماء الثورة مجمدة داخلي". هنا وبعد هذه الرسالة اتجه غيفارا إلى إفريقيا لمساندة الثورة التحررية ثم إلى الزيير (الكونغو الديمقراطية) ليظهر أخيرا في بوليفيا قائدا للثورة (الحركة التحررية) في أمريكا اللاتينية لمجابهة النزعة الأمريكية المستغلة لثروات تلك القارة. ليتم إلقاء القبض عليه ووقوعه في الأسر بأحد وديان بوليفيا الضيقة بعد تضييق الخناق عليه وعلى رفاقه من طرف القوات البوليفية المكونة من 1500 جندي مقابل 16 ثائرا ومقاتلا لينفذ فيه حكم الإعدام رميا بالرصاص على يد ضابط الصف البوليفي "ماريو تيران" في الثامن من أكتوبر من العام 1967 ليتم دفنه في أحد المدافن السرية في مكان لا يعرف مكانه حتى الآن حتى لا يكون مزارا ومحجا للثوار من كل أنحاء العالم.