بدأ تنظيم القاعدة في حشد صفوفه لإعلان الحرب على تنظيم "داعش"، بعدما شعر بأنه بدأ يفقد نفوذه كأقوى تنظيم إرهابي في العالم، على خلفية انشقاق عديد الكتائب التابعة له وإعلان ولائها لزعيم داعش أبو بكر البغدادي، حيث أصدر شريط فيديو يدعو فيه ما سماهم ب"المجاهدين" من أهل العلم والتجربة إلى التدخل لإنقاذ "سفينة الجهاد" من الانحراف والتحريف، مما يشير إلى ظهور بوادر صراع جديد بين اثنين من أقوى التنظيمات الإرهابية، لاعتلاء الزعامة على مملكة الجهاد في العالم، وفرض قانون موحد تنصاع له جميع الحركات الجهادية. وخرجت القاعدة عن صمتها إزاء المستجدات الحاصلة في الفترة الأخيرة، بعدما ارتفع صيت "دولة الخلافة" وأصبحت محور أحاديث دول العالم، وإعلان عدد كبير من الجهاديين في بؤر التوتر ولاءهم لداعش، حيث بثت شريط فيديو على موقعها تتبرأ فيه من "داعش" الذي يقوده البغدادي، وتصفه ب"الغلو والانحراف" والإضرار ب"الجهاد"، وجاء ذلك على لسان أبودجانة الباشا المقرب من زعيم تنظيم القاعدة أيمن الظواهري، تحت عنوان "هذه رسالتنا"، والذي ركز فيه على إعلان اختلاف نهج القاعدة، عن "داعش" التي لم يصرح باسمها علنا، ووجه رسالة للمسلحين في "ثغر الشام" بنبذ الفرقة التي بثتها "داعش" بينهم والتركيز على قتال النظام السوري. وقال الباشا، "ندعو إلى إعادة الخلافة الراشدة على منهاج النبوة لا على نهج الانحراف والكذب ونقد العهود ونكث البيعات، الخلافة تقوم على العهد والشورى والألفة والاجتماع، لا على الظلم وتكفير المسلمين وقتل الموحدين وتفريق صف المجاهدين"، وأضاف "ندعو إلى توحيد المسلمين جميعا حول كلمة التوحيد وتحت راية نقية من شوائب الانحراف إفراطًا وتفريطًا.. ندعو جميع المسلمين إلى القيام بواجبهم في جهاد أعداء الله تعالى من الصليبين واليهود والمشركين المحتلين لديار الإسلام وأعاونهم من الحكام المرتدين المبدلين لشرائع الدين، وندعوهم إلى نصرة أهلنا في الشام والعراق، ودفع العدو الصائل على دينهم وحرماتهم من النصيرية والراوفض وغيرهم من أعداء الملة والدين". وحاول المتحدث ذاته، التركيز على الاختلاف بين القاعدة وداعش الذي شق عصا الطاعة على الظواهري، قائلا "ندعو إلى الرفق بالمسلمين والتدرج في دعوتهم إلى صحيح دينهم وإيضاح الحق لهم برفق ولين ورحمة وحكمة ونعلم ما تعرضوا له من حرب شعواء ومكر شديد لإبعادهم عن دينهم وعقائدهم وأخلاقهم"، محذرا من اتباع التنظيم قائلا "وابتليت الأمة بأهل الغلو والجهل والإفراط فكفّروا العباد وقتلوا الموحّدين وأفسدوا الجهاد وشوهوا رسالة المجاهدين وحرفوا منهجهم"، مضيفًا "اللهم فاشهد براءتنا منه". وأعلن تنظيم القاعدة الحرب ضمنيا على داعش، حيث دعا "المجاهدين" من أهل العلم والتجربة ممن رأوا كيف ينحرف الجهاد إلى التدخل لإنقاذ "سفينة الجهاد" من الغرق بفعل التقاتل والفرقة بين المسلحين، لا سيما في "ثغر الشام"، حيث قال الباشا "وإني لأدعوكم إلى السعي لإفساد ما فسد، وإرجاع المجاهدين إلى وحدتهم واجتماعهم، والتصدي لكل أشكال "الزيغ والانحراف"، واصفا مقاتلي "داعش" بأشخاص "لا خلاق لهم اندسوا في صفوف المجاهدين ليقودوهم إلى حيث الفشل والزوال"، في إشارة إلى عناصر التنظيم الذين انشقوا عنه وانضموا إلى جند الخلافة، مثلما حدث في الجزائر بالنسبة إلى الجماعة التي يقودها عبد المالك قوري والتي سمت نفسها "جند الخلافة في أرض الجزائر". ويعد أبو دجانة الباشا، واسمه الحقيقي محمد بن محمود البحطيطي، من أكبر زعماء القاعدة الذي أدرجته أمريكا على لائحة المطلوبين، وهناك معلومات تفيد بأنه صهر زعيم التنظيم أيمن الظواهري.