كان للمسلمين دور فعال وإيجابي خلال الصراع العرقي الدموي بين قبيلتي "الهوتو والتوتسي" في منتصف التسعينيات من القرن الماضي؛ وذلك لعدم مشاركتهم فيها من جهة، وتوفير الأمن لكل من التجأ إليهم من الأطراف المتضاربة من جهة أخرى. وبذلك أصبح المسلمون أكثر قدرةً على تفعيل الجهود السلميَّة ونشر التسامح بين القبائل، وقد فتح المسلم بيته لكل من لجأ إليه، وكانت المساجد هي الأمان لكل مَن نزل بها. وقد ساعد ذلك على نشر تعاليم الإسلام بين القبائل، وكان من ثمرته إنشاء العديد من الجمعيات والاتحادات ومن هذه المؤسسات -مثلاً- (جمعية مسلمي رواندا) التي تتولى حاليًا نشاط العمل الإسلامي والتنسيق بين الاتحادات والجمعيات المسلمة، وتوجِّه جهود العلماء والتنسيق بينهم والاستفادة منها. وتم تشكيل هيئة تضم خريجي الجامعات الإسلامية والعربية لتشرف على شئون الدعوة ومتابعة القضايا التي تهم المسلمين، وأيضًا يوجد للمسلمين محاكمهم الشرعية؛ وذلك بعد أن تم تأسيس مجلس العلماء الذي خرج منه القضاة الذين ينظرون في القضايا الخاصة بالطلاق والميراث. أما المشكلات التي تواجه مسلمي رواندا فمن أهمها التعليم؛ فالجهود في نشر التعليم -خاصةً تعليم الدين- لا تزال في بدايتها وتحتاج إلى الجهد والمال. وأيضًا المجال الصحي فليس هناك أي نشاط في هذا المجال "إلا القليل"، برغم أن المؤسسات التنصيرية تعتمد على المؤسسات الصحية والتعليمية. وهناك أيضًا حاجة إلى الدعاة المتخصصين الذين يفهمون اللغة المحلية ويتقنونها حتى يجوبوا البلاد كلها (مدنها وقراها)؛ لأن المناطق الريفية في رواندا متعطشة إلى فهم الإسلام. وهناك إحصائية تدل على تزايد عدد مسلمي رواندا؛ ففي عام 1982م كانت نسبة المسلمين فيها 5%، والآن تصل نسبتهم من 11 % إلى 15%. ويُرجِع بعض المحللين هذه الزيادة إلى دَوْر الإذاعة "راديو رواندا" الذي يقوم ببث بعض البرامج الدينية. وأيضًا إلى اتصالهم بالمؤسسات والجمعيات الإسلامية في العالم الإسلامي مثل: الأزهر، والجامعة الإسلامية العالمية بماليزيا، ورابطة العالم الإسلامي بمكة، وغيرها. ومما يبشر بالخير أن مسلمي رواندا استطاعوا إقامة 155 مدرسة ابتدائية و60 مدرسة ثانوية و120 مسجدًا، لكنهم ما زالوا يحتاجون إلى الكثير