المشكل الحدودي 1913: طالبت السعودية بضم قطر لها باعتبارها جزءا من إقليم الأحساء، وبإلحاح من الجانب البريطاني تم الاعتراف بحدود قطر بعد ذلك بسنتين. ولم تقف السلطات السعودية عند الاعتراف بعد تفجر الذهب الأسود في قطر، وظلت هذه المشكلة مثار جدل حول أحقية قطر بالتنقيب عن نفطها بمساعدة الشركات الأجنبية، وهو النزاع الذي التزمت به بريطانيا مع قطر، وأيدته طيلة وجودها في منطقة الخليج العربي. وفي عام 1965 وقعت قطر والسعودية اتفاقا يقضي باتخاذ ترسيم الحدود بينهما، وتم ترسيم الاتفاق الحدودي في مارس 2001. حادثة مركز الخفوس الحدودي 1992: الحكومة القطرية تؤكد أن قبيلة آل مرة ساندت القوات السعودية وقامت بمواجهة القوة القطرية، وتزامن الحادث مع طرح قضية التجمع القبلي في المنطقة المتنازع عليها بين السعودية وقطر، حيث يتوزع أفراد القبيلة في المناطق الواقعة تحت سيادة البلدين. شبهة دعم محاولة الانقلاب في قطر 1995: حاولت السلطات السعودية احتواء الأزمة في وقت لاحق، عن طريق استرضاء بعض رجال قبيلة آل مرة واستمالة بعضهم المتواجدين في قطر. وحسب الطرح القطري، فإن السعودية عمدت إلى استغلال بعض أفراد القبيلة في عملية الانقلاب عام 1995 ضد الحكومة القطرية، بالتعاون مع الأمير السابق خليفة آل ثاني، الذي أدى إلى إسقاط الجنسية وتهجير المئات من رجال القبيلة إلى السعودية، بحجة أن من يحمل الجنسية القطرية يجب أن يكون موالياً مائة بالمائة للعائلة الحاكمة في قطر، وتبقى مشكلة قبيلة آل مرة جزءا من الخلاف القطري السعودي، ضمن ملفات أخرى لم تحسم بعد. خلاف القمة الخليجية 1996: في ديسمبر 1996 اختارت القمة الخليجية التي عقدت في مسقط الشيخ جميل الحجيلان أمينا عاماً لمجلس التعاون الخليجي، مقابل مرشح قطر عبد الرحمن العطية، الأمين العام السابق، فاحتج أمير قطر حمد بن خليفة على ذلك، وقاطع الجلسة الختامية لقمة مسقط الخليجية في ذلك الوقت. وما زاد في الأزمة المحاولة الانقلابية الفاشلة لأمير دولة قطر التي رتبها والده الأمير السابق الشيخ خليفة، سعيا للعودة إلى الحكم، بعد انقلاب ابنه عليه عام 1995، فرغم أن الأمير الوالد، الحاكم السابق، رتب المحاولة، وهو موجود في أبوظبي، واستعان بقطريين من أتباعه كانوا موجودين في أبوظبي وآخرين داخل قطر، إلا أن الدوحة اعتبرت أن لبعض الأطراف السعودية يداً في هذه المحاولة، ومن هنا بدأت الأزمة الحقيقية التي شهدت الكثير من الإشكاليات، واستخدمت قطر وسائل الإعلام ودعمتها ماليا من المناوئين للسعودية. سحب السفراء 2014: في مارس 2014 قررت السعودية والإمارات والبحرين سحب سفرائها من قطر، وجاء في بيان مشترك للدول الثلاث أن القرار اتخذ بعد فشل كافة الجهود في إقناع قطر بضرورة الالتزام بالمبادئ التي تكفل عدم التدخل في الشؤون الداخلية لأي من دول المجلس، بشكل مباشر أو غير مباشر، وعدم دعم كل من يعمل على تهديد أمن واستقرار دول المجلس من منظمات أو أفراد، سواء عن طريق العمل الأمني المباشر أو عن طريق محاولة التأثير السياسي، وعدم دعم الإعلام المعادي.