يحدد المرسوم التنفيذي 25-331 الذي نشر في العدد 70 من الجريدة الرسمية، المهام المنوطة بوكالة تطوير المؤسسات الصغيرة والمتوسطة وترقية الابتكار سواء من حيث آليات تنظيمها أو تسييرها. وحسب نص المرسوم تعود مسؤولية اقتراح التنظيم الداخلي للوكالة، إلى مديرها العام وموافقة الوزير المكلف بالمؤسسات الصغيرة والمتوسطة، بعد مداولة مجلس الإدارة المشكل من ممثلي عدة وزارات وهيئات. على أن تتولى "مشاتل ومراكز الدعم والاستشارة للمؤسسات الصغيرة والمتوسطة"، مهمة تنفيذ نظام دعم إنشاء المؤسسات الصغيرة والمتوسطة على المستوى المحلي، وفق الهياكل التنظيمية التي تحددها الهيئات المركزية للوكالة وتقديم الخدمات الخاصة بالمؤسسات الصغيرة والمتوسطة. وتقوم المشاتل بتشجيع إنشاء المؤسسات الصغيرة والمتوسطة وتقديم خدمات لاحتضان المؤسسات الصغيرة والمتوسطة حديثة النشأة وتسريع استحداثها بالنسبة للمؤسسات الصغيرة والمتوسطة المبتكرة، أو تلك التي لديها إمكانات نمو كبيرة مع توفير إيواء ظرفي للمؤسسات التي تواجه صعوبات أو تلك المسجلة في نظام الدعم لضمان ديمومتها. كما تتولى الوكالة وفق المرسوم القيام بنشاطات تحسيسية وتكوينية لفائدة الشباب المقاولاتي بالتنسيق مع الأجهزة الموجودة، إلى جانب تقييم الإمكانيات المحلية لإنشاء المؤسسات الصغيرة والمتوسطة وتكثيف النسيج الصناعي مع تحديد فرص الاستعانة بمصادر خارجية لأنشطة المؤسسات الكبيرة وخاصة الصناعية منها، لتشجيع استحداث مؤسسات صغيرة ومتوسطة ومساعدة حاملي المشاريع لدى صناديق الإطلاق والمصادر الأخرى للتمويل. وتتولى مراكز الدعم والاستشارة للمؤسسات الصغيرة والمتوسطة، مهمة تنفيذ برامج دعم تطوير وديمومة المؤسسات الصغيرة والمتوسطة على المستوى المحلي، المحددة من طرف الهياكل المركزية للوكالة لفائدة المؤسسات الصغيرة والمتوسطة مع ضمان المرافقة. كما أوكلت لها أيضا مهمة دراسة وتحليل احتياجات المؤسسات الصغيرة والمتوسطة بالاتصال مع مجموع الفاعلين المعنيين على المستوى المحلي بهدف اقتراح الكيفيات المطلوبة للبرامج والأنظمة التي تنفذها، واقتراح مشاريع للتطوير الجماعي أو للنظم البيئية للمؤسسات الصغيرة والمتوسطة. وتعنى بتنفيذ البرامج وأنظمة الدعم المحددة من طرف الوكالة بالاتصال مع الفاعلين المعنيين على المستوى المحلي في مجال عصرنة المؤسسات الصغيرة والمتوسطة، وتطوير المناولة ودعم تعزيز الاندماج الصناعي الوطني ودعم الابتكار والرقمنة في المؤسسات الصغيرة والمتوسطة، الى جانب دعم ديمومة المؤسسات الصغيرة والمتوسطة والحفاظ عليها وتطوير النظم البيئية. وفي حال عدم وجود مشتلة في الولاية ذات اختصاص، مركز الدعم والاستشارة يتكفل هذا الأخير بضمان مهام الدعم لإنشاء المؤسسات الصغيرة والمتوسطة باستثناء خدمات الإيواء. ويدير مشاتل المؤسسات ومراكز الدعم والاستشارة للمؤسسات الصغيرة والمتوسطة، مديرون يساعدهم رؤساء مصالح، حيث يكلف مدير المشتلة بالسهر على تحقيق النتائج المرجوة من المشتلة التي يسيرها وتجسيد الأهداف المحددة من طرف الوكالة في أهداف خاصة وفي مخططات عمل عملياتية. ويكلف المديرون بالإشراف على المشاريع ومخططات العمل العملياتية التي تنفذها المشتلة وتقييم مستويات الأداء المحققة، وإعداد تقارير دورية عن النشاط مع تقديم اقتراحات لتحسين فعالية الخدمات والبرامج التي تنفذها المشتلة على المستوى المحلي أساسا في مجال دعم وإنشاء المؤسسات، وتطوير أوجه التآزر مع مراكز الدعم والاستشارة والفاعلين الآخرين في إطار الشراكات المطورة محليا، إلى جانب ضمان التسيير والسهر على حسن سير المشتلة والحفاظ على هياكل الإيواء للمؤسسات المؤهلة. ويكلف مدير مركز الدعم والاستشارة، بضمان تحقيق النتائج المرجوة من المركز، وتجسيد الأهداف المحددة من طرف الوكالة في أهداف خاصة وفي مخططات عمل عملياتية والإشراف على المشاريع ومخططات العمل التي ينفذها المركز في مجال دعم تطوير وديمومة المؤسسات الصغيرة والمتوسطة وتطوير النظام البيئي للمؤسسات الصغيرة والمتوسطة وتقييم مستويات الأداء المحققة. كما يقوم المديرون بإعداد تقارير دورية عن النشاط مع تقديم اقتراحات لتحسين فعالية أنظمة وبرامج الدعم التي ينفذها المركز على المستوى المحلي، وتطوير أوجه التآزر مع المشتلة والفاعلين الآخرين في النظام البيئي في إطار الشراكات المطورة محليا وضمان التسيير والسهر على حسن سير المركز.