طالبت النقابة الوطنية للقضاة بإسناد رئاسة المجلس الأعلى للقضاء إلى قاض منتخب مع إعطاء رئيس الجمهورية الرئاسة الشرفية. وكشفت نقابة القضاة عن مقترحاتها بخصوص مسودة الدستور حيث تركزت معظمها حول الفصل الرابع من من الباب الثالث الذي يتضمن تنظيم وفصل السلطات، ودعت في هذا السياق إلى وجوب تغيير عنوان هذا الفصل إلى "السلطة القضائية" بدلا من "العدالة". وعللت النقابة أسباب التمسك بالمصطلح الوارد قبل التعديل بأن حذف مصطلح السلطة القضائية يؤدي إلى اختلال النظم الدستورية المتعارف عليها في باب الفصل بين السلظات، كما أن استبعاد القضاء من مبدأ الفصل بين السلطات هو أمر غير مستساغ. واقترحت النقابة حذف المادة 180 من مشروع تعديل الدستور التي جاء فيها : "يحمي القانون المتقاضي من أي تعسف يصدر من القاضي" وبررت ذلك بأنها تنطوي على سوء ظن مسبق بالقاضي الذي يفترض فيه السمو والرفعة التي تليق بمقام القضاء والسلطة القضائية. وأدرجت النقابة الوطنية للقضاة تعديلات تخص المادة 187 المتعلقة بالمجلس الأعلى للقضاء حيث تقترح أن يرأسه قاض ينتخبه كافة قضاة الجمهورية لعهدة مدتها ست سنوات غير قابلة للتجدين بينما يكون رئيس الجمهورية رئيسا شرفيا. وبالنسبة لتشكيلته رفعت النقابة من عدد ممثليها داخل المجلس من إثنين إلى أربعة قضاة بينما تقترح أن يتولى رئيس الجمهورية تعيين 4 شخصيات في المجلس بحكم كفاءتهم خارج سلك القضاء. وبررت نقابة القضاة المقترح بأن أساس المبدأ الدستوري لاستقلال السلطة القضائية هو أن يكون رئيس المجلس الأعلى للقضاء منتخبا من قبل كافة قضاة الجمهورية، كما أنها ترى أن استئثار رئيس الجمهورية بترأس المجلس الأعلى للقضاء فيه مساس باستقلالية السلطة القضائية، لاسيما وأن رئيس الجمهورية في خرجاته المختلفة أبدى رغبة في عدم ترؤس المجلس الأعلى للقضاء على أن يبقى ضامنا لاستقلالية القضاء. من جهة أخرى طلبت النقابة بإضافة صلاحية استشارة المجلس الأعلى للقضاء في مشاريع القوانين ضمن المادة 189 من مشروع التعديل الدستوري بحجة أن القضاة هم من يقع على عاتقهم رقابة التطبيق الصحيح للقانون من قبل كل مقومات الدولة، وهم بالدرجة الثانية ملزمون بتطبيق القانون.