بايع المسلمون أبا بكر الصديق خليفة للنبي صلى الله عليه وسلم معترفين بمكانته وسابقته في الإسلام وأهليته للقيادة وجمع الصف، وبايعه معهم علي بن أبي طالب. جاء في رواية أنه بايع في اليوم الأول أو الثاني بعد وفاة النبي صلى الله عليه وسلم. وجاء في رواية أخرى أنه بايع بعد ستة أشهر، عتابا على خلاف حصل بين الخليفة الجديد والسيدة فاطمة الزهراء عليها السلام بشأن ميراثها من رسول الله صلى الله عليه وسلم. طلبت السيدة فاطمة رضي الله عنها ميراث أبيها صلى الله عليه وسلم مما أفاء الله عليه بالمدينة وفدك وما بقي من خمس خيبر، وأجابها أبو بكر، كما في صحيح البخاري: إن رسول الله صلى الله عليه وسلم قال: لا نورث. ما تركنا صدقة. إنما يأكل آل محمد صلى الله عليه وسلم في هذا المال وإني لا أغير شيئا من صدقة رسول الله صلى الله عليه وسلم عن حالها التي كان عليها في عهد رسول الله صلى الله عليه وسلم، ولأعملن فيها بما عمل به رسول الله صلى الله عليه وسلم". توفيت السيدة فاطمة عليها السلام في الثالث من رمضان، في العام الهجري الحادي عشر، أي بعد ستة أشهر فقط من وفاة أبيها خاتم الأنبياء والمرسلين صلى الله عليه وسلم. وبعد وفاتها رضي عنها جرى حديث بين أبي بكر الصديق وعلي بن أبي طالب تصافيا فيه، وقال فيه علي: "إنا قد عرفنا فضلك وما أعطاك الله، ولم ننفس عليك خيرا ساقه الله إليك، ولكنك استبددت علينا بالأمر وكنا نرى لقرابتنا من رسول الله صلى الله عليه وسلم نصيبا. فدمعت عينا الصديق وأجابه: والذي نفسي بيده لقرابة رسول الله صلى الله عليه وسلم أحب إلي أن أصل من قرابتي. وأما الذي شجر بيني وبينكم من هذه الأموال فلم آل فيها عن الخير ولم أترك أمرا رأيت رسول الله صلى الله عليه وسلم يصنعه فيها إلا صنعته. فقال على لأبي بكر: موعدك العشية للبيعة. فلما صلى أبو بكر الظهر رقي على المنبر فتشهد وذكر شأن علي وتخلفه عن البيعة وعذره بالذي اعتذر إليه. ثم استغفر وتشهد علي فعظم حق أبي بكر وحدث أنه لم يحمله على الذي صنع نفاسة على أبي بكر ولا إنكارا للذي فضله الله به ولكنا نرى لنا في هذا الأمر نصيبا فاستبد به علينا فوجدنا في أنفسنا. فسر بذلك المسلمون وقالوا: أصبت. وكان المسلمون إلى علي قريبا حين راجع الأمر المعروف". (الرواية في صحيح البخاري) كان علي بن أبي طالب مستشارا مرموقا لدى الصديق ولدى عمر بن الخطاب ثاني الخلفاء الراشدين رضي الله عنهم جميعا. وعندما حضرت الوفاة عمر بن الخطاب، اختار ستة من كبار الصحابة للتشاور وترشيح الخليفة من بعده، وكان من بينهم علي. وانتهت مشاورات الستة بعد ذلك إلى ترشيح عثمان بن عفان ومبايعته ليكون ثالث الخلفاء الراشدين. وبعد مقتل عثمان، بويع علي بن أبي طالب بالخلافة في شهر ذي الحجة عام 35 للهجرة، وبقي في منصبه هذا إلى حين استشهاده في العام 40 للهجرة، بعد أربع سنوات وتسعة أشهر وعدة أيام، عندما اغتاله الخارجي عبد الرحمن بن ملجم.