Gündogan et son compatriote Mesut Özil, avec lui sur les photos, ont été accusés par la Fédération allemande de football (DFB) de s'être laissés "manipuler", et ont été pris à partie par certaines personnalités politiques allemandes après avoir posé en photo avec le président turc Recep Tayyip Erdogan. L'ancien joueur du Borussia Dortmund a désiré s'expliquer à propos de cette polémique grandissante. Il s'st dit notamment touché par la violence de certaines réactions à son égard : "Certaines réactions m'ont touché, notamment les attaques personnelles. Ces dernières années nous avons beaucoup fait pour promouvoir l'intégration en Allemagne. Nous n'avons pas seulement en nous un côté turc, hérité de nos parents et de nos familles", a-t-il indiqué dans des propos relayés par Goal. Nous sommes nés et nous avons grandi à Gelsenkirchen. C'est une ville avec un fort pourcentage d'émigrés. C'est pourquoi j'ai été très choqué d'entendre dire que nous n'étions pas intégrés et que nous ne voulions pas vivre conformément aux valeurs allemandes", s'est encore justifié le joueur.