Algérie, Cameroun et Nigeria étaient très attendus après avoir été absents de la CAN-2012. L'Algérie, menée à la pause à Banjul, a réagi en quelques minutes avec des buts de Yahia (55e) et Feghouli (58e) pour sa première sélection. Le Cameroun, privé de son capitaine Eto'o (suspendu jusqu'à fin août), a dû attendre les dernières minutes pour s'imposer sur un but de Choupo-Moting marqué à l'issue d'un superbe solo (87e). Le Nigeria n'a pu l'emporter à Kigali, et Stephen Keshi a dû se contenter d'un 0-0 contre le Rwanda, qui contraindra les Super Eagles à décrocher la victoire pour se qualifier. Manuel Amoros est l'autre sélectionneur qui a connu un 0-0 pour son premier match avec le Bénin en Ethiopie. Le but du Rennais Boukari n'aura pas suffi pour éviter la défaite du Togo au Kenya (2-1). Les îles de l'océan Indien sont beaucoup plus proches de la sortie, avec les revers 4-0 de Madagascar face au Cap-Vert et des Seychelles contre la RD Congo de Claude Le Roy. Le premier tour se joue en matches aller-retour entre 28 équipes. En sont exemptées l'Afrique du Sud, qui organise la CAN-2013, et les 16 équipes ayant participé à l'édition 2012 (Angola, Botswana, Burkina Faso, Guinée équatoriale, Gabon, Ghana, Guinée, Côte d'Ivoire, Libye, Mali, Maroc, Niger, Sénégal, Soudan, Tunisie, Zambie). Un tirage au sort réunira les 14 vainqueurs du premier tour et les 16 pays exemptés pour déterminer le deuxième tour par matches aller-retour (les 7-9 septembre et 12-14 octobre). Les vainqueurs de ce tour rejoindront l'Afrique du Sud. Le match qui devait opposer la Centrafrique à l'Egypte a été reporté au mois de juin (aller le 15, 16 ou 17 au Caire, retour le 30 à Bangui), en raison des violences lors d'un match de clubs à Port-Saïd le 1er février qui avaient fait 74 morts.
