اتفقت المعارضة والنظام السوري على إدانة اغتيال الشيخ محمد سعيد رمضان البوطي في تفجير مسجد الإيمان بالعاصمة دمشق، لكنهما تبادلا الاتهامات بالمسؤولية عن الاغتيال، فيما تبرأ التيار السلفي في الأردن من مسؤولية الحادث. وأدان رئيس الائتلاف السوري لقوى الثورة والمعارضة أحمد معاذ الخطيب اغتيال البوطي، ورجح وقوف نظام الرئيس بشار الأسد وراءها. كما أدانت القيادة المشتركة للجيش السوري الحر الاعتداء الذي وصفته بالإرهابي والإجرامي، وقالت في بيان لها إنها «تدين بأشد العبارات الاعتداء الإرهابي والإجرامي الذي وقع اليوم على بيت من بيوت الله«. وأضافت »مع أن كثيرا من ملابسات ما وقع لم يتكشف بعد، إ؟ أن مثل هذه الأعمال والسلوكيات لا تمت بأي صلة لأخلاق ومبادئ وأهداف الثورة السورية المجيدة والجيش السوري الحر«. كما حذرت من أن »هذه الأعمال الإرهابية والإجرامية هي بداية لمرحلة خطيرة للغاية لخلط الأوراق تخوضها قوى إقليمية لطالما استعملت ورقة الإرهاب لتحقيق غايات سياسية ومحاولات رخيصة، لتبرير دخول مقاتلين من دول الجوار والإقليم بحجة حماية بعض المقامات والمزارات«. وتابعت القيادة في بيانها »إن هذه القوى لطالما استعملت فزاعة الإرهاب لإحباط أي مشروع تنموي تحرري في المنطقة، كما قامت باختراق العديد من التنظيمات تحت غطاء مساعدتها غير المباشرة بغرض استثمار ذلك«. وقالت القيادة »إننا نحذر شعبنا العظيم من أن مثل هذه الأعمال هي جزء من مخطط قادم لسوريا يهدف لإفشال الثورة السورية والالتفاف والاحتيال عليها وإيقاع السوريين بعضهم ببعض، فسقوط النظام ؟ يعني انتهاء المشروع التوسعي في المنطقة لتلك القوى الإقليمية، وعملت في سياسة ممنهجة قبل ذلك على استثمار إدارة الملفات في المحيط العربي والإسلامي مقابل دور أكبر في معادلة الأمن الإقليمي في المنطقة«. من جانبه نفى التيار السلفي في الأردن أي اتهام باغتيال البوطي، وحمل النظام السوري المسؤولية عن ذلك. وقال القيادي البارز في التيار محمد الشلبي، المكنى بأبي سياف لوكالة يونايتد برس إنترناشونال، »إن جبهة النصرة لأهل الشام كانت تتمنى قتل عالم أمن الدولة السوري محمد البوطي، ولكننا ندين الطريقة التي قتل فيها بداخل مسجد، والأبرياء الذين سقطوا جراء ذلك«. وأضاف أن النظام في دمشق يتحمل مسؤولية مقتل البوطي لأنه أراد الخروج من سوريا فقام النظام بتصفيته، على حد قوله.