دخلت أزمة موقع إسلام أون لاين منعطفا خطيرا بعد قرار وزير الشئون الاجتماعية القطري إقالة مجلس إدارة جمعية البلاغ القطرية المسيرة للموقع التي يرأسها الشيخ د.يوسف القرضاوي وتعيين مجلس إدارة مؤقت الشيخ حاول الحفاظ على المنهج الوسطي للإسلام في إدارة الموقع وبدأت الأزمة مع قيام اثنين من أعضاء مجلس الإدارة السابق، وهم د. إبراهيم عبد الله الأنصاري وعلي العمادي، بانتهاج سياسات في إدارة الموقع لم يرض عنها الشيخ، شملت عزل قيادات الموقع، توفيق غانم وهشام جعفر ومحمد زيدان وتحويلهم إلى مناصب استشارية، والإعلان عن سياسة تحريرية جديدة للموقع تجعله أقرب إلى المواقع الدعوية التي لا علاقة لها بمجالات الحياة المختلفة من ثقافة واقتصاد وحياة إجتماعية، وهو ما اعتبره الشيخ انقلابا على المنهج الوسطي للإسلام الذي قامت عليه فكرة الموقع، فقام بعزلهم من مناصبهم وتعيين مريم الهاجري، صاحبة فكرة إنشاء الموقع ومريم آل ثان في مناصبهما. وبينما كان العاملون في الموقع في انتظار عقد الجمعية العمومية للتصديق على قرارات الشيخ وعودة العمل إلى الموقع الذي توقف التحديث به منذ اندلاع الأزمة قبل حوالي أسبوعين، فوجئ العاملون بقرار وزير الشؤون الإجتماعية الذي تضمن تعيين العضوين المثيرين للأزمة وهم د.إبراهيم الأنصاري وعلي العمادي، بالإضافة إلى ثلاثة آخرين هم د.حسن راشد الدرهم ومحمد بدر السادة وهاشم عبد الرحيم. وتعليقا على القرار، قال عادل القاضي، نائب رئيس تحرير "إسلام أونلاين": "إن هذه الرسالة تعني إقصاء الشيخ يوسف القرضاوي من الجمعية وعن "إسلام أونلاين" وتدخل صريح للحكومة القطرية في إغلاق الموقع وتحويل إدارة الموقع إلى قطر". و قد ندد العاملون في موقع "إسلام أون لاين" عبر العالم –بشدة- بقرار إقالة الدكتور يوسف القرضاوي من رئاسة مجلس إدارة جمعية البلاغ الثقافية، المالكة للموقع، وشددوا على أن تضامنهم مع الشيخ سيكون عمليا، معلنين عن "إطلاق مبادرة عالمية لإنشاء مشروع جديد يحمل فكر الوسطية والاعتدال، ويكون مفتوحا للاكتتاب العام عبر العالم، وذلك تحت عنوان (مبادرة إعلام الأمة)". وفي ضوء ذلك، شدد العاملون على استمرار اعتصامهم، الذي دخل يومه العاشر، وذلك حتى حصولهم على كافة مستحقاتهم المادية والمعنوية، مؤكدين كذلك عزمهم على حماية رسالتهم ومشروعهم الفكري، الذي بذلوا الكثير كي تكون الثمرة مؤسسة بحجم "إسلام أون لاين".