وافق الرئيس المصري حسني مبارك بصفته رئيسا للحزب الوطني على الاستقالة التي تقدم له بها د.أحمد الطيب، شيخ الأزهر من عضوية المكتب السياسي بالحزب الوطني. وكانت التقارير التي تسربت من مشيخة الأزهر قد أشارت إلى”أن شيخ الأزهر الدكتور أحمد الطيب سيتقدم باستقالته من الحزب الوطني عقب تماثل الرئيس مبارك للشفاء وذلك بعد أن طلبت منه قيادات نافذة داخل الحزب الحاكم ذلك بعد توليه منصب شيخ الأزهر، حتى لا تتعارض هذه العضوية مع دعوة الحزب للفصل بين الدين والسياسة، وبين المؤسسات الدينية والسياسية. وقد قاد العديد من الكتاب فضلاً عن نشطاء ورموز في قوى المعارضة المختلفة حملة مكثفة فور تولي شيخ الأزهر منصبه حيث طالبوه بالانسحاب من الأمانة العامة للسياسات التي يرأسها جمال مبارك حتى لا يتم استخدامه في خدمة المآرب السياسية التي يريدها أصدقاء جمال وفي مقدمتها الحصول على فتوى من قمة المؤسسة الدينية تبيح لمبارك الابن الصعود الى عرش والده خلال المرحلة المقبلة. وحسب مصادر إعلامية أن الشيخ الطيب تنفس الصعداء على إثر قبول الرئيس استقالته وذلك من أجل رفع الحرج الذي يلاحقه أينما حل.