أنشئت المكتبة الوطنية الجزائرية دون رصيد يوم 13 أكتوبر 1835 بموجب مرسوم من الوزارة الفرنسية للحرب، وهذا خمس سنوات بعد الاستيلاء على مدينة الجزائر، ولم تكن تتوفر في البداية لا على رصيد ولا على ميزانية أو مبان أو رواد، وكانت مُسيرة من طرف المحافظ "أدريان بارباروجار"، حُولت المكتبة الوطنية عدة مرات إلى عدة مبان كان أولها بيت عقاري في حي باب الوادي، ثم نقل مقرها سنة 1838 إلى ثكنة الانكشاريين بباب عزون إلى غاية 1848، في هذه الفترة ازداد رصيد المكتبة بفضل الهبات ومصادرة المخطوطات وإرساليات وزارة الحرب. وكانت أول ميزانية لها قد قدرت ب60600 فرنك. نقلت بعدها المكتبة الوطنية إلى قصر مصطفى باشا الذي انتهت ملكيته إلى الفرنسيين بعد أن ذَبح الانكشاريون الأخير. رغم أن بيت مصطفى باشا الذي بني سنة 1799 كان تحفة معمارية موريسكية حقيقية، إلا أنه لم يكن يناسب المكتبة الوطنية حيث كانت الأماكن غير كافية لبسط الكتب التي كانت أعدادها تتزايد سريعا، وكانت قاعات القراءة صغيرة وقليلة العدد، وظروف تخزين الكتب والمخطوطات سيئة جدا لارتفاع الرطوبة. وانتهى التفكير الطويل في إنشاء مبنى خاص للمكتبة سنة 1958 بافتتاح جزئي للمبنى الذي يعرف اليوم بفرانز فانون بشارع الدكتور سعدان، والذي مازال تابعا للمكتبة الوطنية. سنة 1995 تم تدشين المقر الجديد للمكتبة الوطنية بالحامة. قِدم المكتبة الوطنية كمؤسسة ثقافية لم يؤهلها دائما لأداء الأدوار المنوطة بها بمقتضى الإيداع القانوني والذي يحدد المهمة الرئيسية للمكتبة الوطنية وهي "جمع وحفظ ووقاية التراث الفكري الصادر في الجزائر"، إذ اشتكى الكثير من المثقفين ورجال الثقافة في الجزائر من أداء المكتبة الوطنية. ويقول لزهاري ريحاني، أستاذ الأدب واللغة الفرنسية في جامعة بوزريعة ورئيس تحرير مجلة أيس: "المكتبة الوطنية تحولت إلى فضاء للقراءة العمومية فقط وتخلت عن أدوارها الحقيقية وهي متابعة حركة النشر الآن وجمع وتحقيق التراث الجزائري". ويقول القاص والروائي عبد القادر برغوث "إن إشعاع المكتبة الوطنية الثقافي يقف عند حدود المجتمع الجواري وكأنها دار للثقافة، لا أعتقد أن هذا المشكل يجب أن يوجد في عصر الأنترنت، فهذه الشبكة لا تتوفر على عناوين الكتب فضلا عن المخطوطات، يجب أن نستثمر في ذاكرتنا ببسطها للباحثين والمثقفين عبر كامل القنوات". مصلحة المخطوطات... الأكثر غنى والأقل إقبالا أهّل الوضع الجغرافي والتاريخي الجزائر لأن تكون زواياها وحواضرها غنية بالكتب والمخطوطات، فمصدر جل المخطوطات في الجزائر ورثته من الأندلس ومما حمل العلماء من المشرق العربي، إلا أن هذه الثروة من الكتب والوثائق والمخطوطات كانت أولى ضحايا الاحتلال الفرنسي، فقد شاهد الأب "أدريان بير بروجير" مدينة قسنطينة وهي تسقط على يد المارشال "كلوزيل" في نوفمبر 1837 ورأى الجنود الفرنسيين كيف يعبثون بالمخطوطات، جمع فيما بعد بروجير ما استطاع أن يعثر عليه من مخطوطات وسط الدمار والخراب، حيث استطاع أن يجمع أكثر من 800 مخطوط، إلا أنه وجد صعوبة كبيرة في حملها إلى العاصمة، وأدى طول السفر في ذلك الوقت إلى ضياع أغلبها، جمعه فيما بعد مع ما عثر عليه في تلمسان والمدية ومعسكر، بهذه المجموعة تكوَّن الرصيد الأول لمصلحة المخطوطات. يقول البارون سلان المبعوث في مهمة علمية إلى الجزائر سنة 1846 في تقريره المرفوع إلى الحكومة الفرنسية: "في ختام جولتي العلمية في مكتبات الجزائر، يسرني أن أنقل إليكم نتائج بحوثي. تضم المكتبة الوطنية في العاصمة قرابة سبعمائة مخطوط عربي مجموعة جلها من طرف السيد بروجير، والتي استرجعت من مكتبات المساجد خاصة في قسنطينة... من أهم المخطوطات نسخ كثيرة لمختصر سيدي خليل... أما كتب التاريخ والعلوم والآداب فهي قليلة... وهناك كتب فائقة الأهمية مثل تاريخ الطبري وثلاثة أجزاء من كتاب تاريخي مهم جدا بعنوان كتاب الأغاني... قاموس الزمخشري". بفضول كبير عثرت على كتاب الأسد لابن عبد ربيح ومعجم البلدان للبكري وتاريخ بني زيان لابن عبد الجليل... كتاب الأسد غير معروف في أوروبا، إلا ما أخذ منه من حكايات عن حروب العرب قبل الإسلام، يستحق أن يُعلم المستشرقون أن هذا الكتاب متوفر وأن ما بقي منه بالأهمية نفسها". يبلغ اليوم رصيد مصلحة المخطوطات 4291 مجلد مخطوط باللغة العربية وقليل منها باللغات التركية والفارسية، وهو العدد القليل باعتبار غنى الجزائر بالزوايا والمكتبات الخاصة ومقارنة بالمكتبات الوطنية الأخرى، ويرجع أقدم مخطوط في المصلحة إلى القرن الثالث أو الرابع هجري، وهو أصغر كتاب للقرآن في الجزائر مكتوب بخط كوفي ومنسوخ على ورق الغزال، تقدر قيمته بأكثر من ثلاثة ملايير سنتيم. وتتنوع مواضيع المخطوطات بين القرآن والحديث والفقه والتصوف والسياسة والفلسفة والمنطق والحساب والهندسة والتقويم والفلك والتاريخ، وخاصة تاريخ الجزائر، والنحو والأدب والشعر. كما تتغذى اليوم المصلحة من تبرعات علماء الجزائر وأئمتها بالمخطوطات وبمكتباتهم الخاصة مثل مكتبة محمد بن شنب ومكتبة إمام جامع كتشاوة الخاصة التي سلمها مؤخرا أولاده للمكتبة. ورغم أن مصلحة المخطوطات تعد أغنى مصلحة في المكتبة، إلا أن الكثير من زوار المكتبة ومرتاديها لا يعرفون أن هناك مصلحة للمخطوطات في المكتبة الوطنية، حيث لا يتعدى من رأيناهم خلال زيارتين للمصلحة الشخصين في قاعة القراءة والمعاينة.
