يهدد التلوث و النفايات المنزلية الآتية من مناطق النشاطات الاقتصادية و السكن بالمنطقة و ولاية المحمية الطبيعية بالرغاية و بحيرتها بنظامها البيئي. و قد علم من المديرية العامة للغابات التي يوجد مقرها ببن عكنون أنه يتم بذل جهود لمكافحة آثار التلوث على هذه المحمية الرطبة المصنفة موقعا محميا في اتفاقية رامسار.و تواجه المنطقة الرطبة للرغاية المصنفة ضمن مواقع رامسار ذات الأهمية الدولية في يونيو 2003 و بحيرتها التي تمتد على 75 هكتارا تولثا متزايدا خاصة بفعل النفايات الصناعية و المنزلية. كما أن التدهور المتواصل لنوعية مياه البحيرة جراء المواد الصلبة والكميائية و نفايات المياه المستعملة للمدن يهدد بزوال عدة أنواع حيوانية و نباتية محمية مما يشكل انشغالا كبيرا حسب مديرية المركز بالرغاية. في هذا الشأن صرح مدير المركز عبد الغاني بومسعود أن أكبر مشكل في حماية بحيرة الرغاية يكمن في تدهور نوعية المياه جراء صب وادي الأبيار و الرغاية الملوثين بالمياه المستعملة و المواد الكيماوية علما أن هذين الوادين غير موصولين بمحطة التطهير بالمدينة. آخر مستنقعات المتيجة مهددة بالثلوت ذكر بومسعود أن بحيرة الرغاية تعد آخر أثار مستنقعات هضبة المتيجة ليؤكد مجددا الأهمية الايكولوجية لنوعية المياه و ضرورة القيام بكل ما من شأنه حماية مثل هذه المحمية الطبيعية .و يتردد على هذه البحيرة 3000 طائر يعيش في الوسط المائي شهريا بمعدل 47 نوع من الطيور المحلية و المهاجرة سنويا حسب احصائيات المركز الذي يسجل ترددا متزايدا لهذه الطيور على الموقع. لكن هذه الطبيعة البديعة التي قد تلهم الفنان بجمالها و الزاخرة بثرائها النباتي و الحيواني هي اليوم عرضة للتلوث الصناعي و العمراني. و أودع مركز الرغاية في أكتوبر 2013 شكوى لدى مديرية الغابات لولاية الجزائر للإسراع بإيجاد حل للخطر المتزايد الذي يشكله التلوث على بحيرة الرغاية حسبما أكده بن مسعود. و كان الرد إيجابيا حسب نفس المتحدث الذي أوضح أن الوالي المنتدب للدائرة الإدارية للرويبة استدعت خلال نفس الشهر جميع الأطراف المعنية إلى جلسة عمل لدراسة قضية تلوث مياه الرغاية و هذا في انتظار حلول سريعة لحماية المحمية الطبيعية بالرغاية يبقى التلوث يهدد المياه و يؤثر على نظامها البيئي