إتهم السودان دولة جنوب السودان بمواصلة تقديم الدعم لجماعات مسلحة مناوئة، تسعى لإسقاط النظام في الخرطوم. ونقلت وكالة السودان الرسمية للأنباء سونا عن وزير الدفاع السوداني، عبد الرحيم محمد حسين، قوله: إن الحركات المسلحة ما زالت تتلقى الدعم العسكري من دولة جنوب السودان . وأوضحت أن الوزير السوداني بحث مع ثابو امبيكي، رئيس الآلية الإفريقية رفيعة المستوى للتوسط بين السودان وجنوب السودان القضايا العالقة بين البلدين. وأبلغ وزير الدفاع السوداني امبيكي، رفض الخرطوم زج قضية دارفور ضمن القضايا الأمنية العالقة بين السودان وجنوب السودان. وتتهم الخرطوم نظيرتها جوبا بتقديم دعم للحركة الشعبية قطاع الشمال، والتي تخوض حربا ضد حكومة الخرطوم في منطقتي جنوب كردفان والنيل الأزرق المحاذيتين لجنوب السودان. وتقول الخرطوم إن قطاع الشمال ما يزال على إرتباط بجيش جنوب السودان، وهو ما تنفيه جوبا باستمرار. ويوجد اتفاق موقّع في 2012 يلزم الخرطوموجوبا بعدم تقديم أي دعم للمجموعات المسلحة في أي منهما، لكن الإتهامات المتبادلة بين الجانبين تشير إلى أن الاتفاق لم يحقق أهدافه بعد.