ردت وزارة الشؤون الخارجية والتعاون الدولي رسميا على تقرير الخارجية الأمريكية حول الحريات الدينية، وركزت على توضيح جوانب إيجابية فيما يتعلق بالإجراءات القانونية المطبقة في إطار احترام حرية المعتقد وتنظيم الممارسة الدينية في الجزائر لغير المسلمين. وعبرت وزارة الشؤون الخارجية في نص الرد عن أسفها لتجاهل التقرير الأمريكي الإجراءات المتخذة من أجل احترام الحريات الدينية وعدم إعطاء هذا التقرير نظرة إيجابية حول واقع ممارسة حرية الديانة والعبادة في الجزائر، رغم أنها وصفت التقرير عموما بالإيجابي في طرحه بعض العناصر فقط. ومن مجمل ما رأت وزارة الخارجية أنه مجحف تجاهله في تقرير الحريات الدينية، الإجراءات المتخذة في إطار التعديل الدستوري الجديد المتعلق بالمادة 42 التي تكرس حرية المعتقد والديانة، بالإضافة الى الأعمال العمومية التي تهدف إلى تعزيز جو التسامح وقبول الديانات الأخرى السائدة في المجتمع وإدانة الأعمال الإرهابية والخطابات الدينية المتطرفة. وزارة الشؤون الخارجية، وفي ردها الرسمي، اتهمت كتابة الدولة الأمريكية بالتعمد في تجاهل ثلاثة عناصر هامة تتمثل في الأمر رقم 0603 المؤرخ في 28 فبراير 2006 المحدد لشروط ممارسة ديانات أخرى غير الإسلامية التي تعكس احترام الدولة الكبير لكل الديانات السماوية، فيما ذكرت أن العنصر الثاني الهام يتمثل في دعوة الجمعيات الدينية إلى ممارسة شفافة حيث تستفيد تلك الجمعيات دون تمييز من دعم مالي من الدولة التي تقوم بالاعتناء بأماكن العبادة وترميمها. أما فيما يتعلق بالعنصر الثالث فهو أن الأشخاص الراغبين في تطوير نشاط في المجال الديني مطالبون بأن تكون لهم الصفة والأهلية من السلطة الدينية التابعين لها بهدف تنظيم النشاط الديني، وهو إجراء عادي مطبق في جميع بلدان العالم ويسري على جميع الديانات بما فيها الديانة ذات الأغلبية في الجزائر وهي الإسلام. وفي ختام نص رد وزارة الخارجية والتعاون الدولي على تقرير كتابة الدولة الأمريكية،عبرت عن استعدادها للتعاون مع هذه الأخيرة لضمان فهم أكبر لواقع ممارسة الحريات الدينية في الجزائر بدلا من تحرير تقارير مغلوطة وغير موضوعية تتجاهل الجهود المحلية من أجل ضمان حرية الممارسة الدينية مع احترام القوانين فيما يتعلق بالنشاط الديني. وكان وزير الشؤون الدينية والأوقاف محمد عيسى قد كشف في تصريحات صحفية تعليقا على التقرير الأمريكي أن بعض الضيوف الأجانب لجأوا الى استغلال الفقراء والقصر لدفعهم الى الردة عن إ وممارسة التبشير بطريقة غير مشروعة.