أثار موقف محمد فايق، رئيس المجلس القومي لحقوق الإنسان المصري، المتعلقة بقضية الصحراء الغربية، زوبعة من ردود الفعل المغربية العاصفة، مثلما ألقت بظلالها على العلاقات بين الرباطوالقاهرة في أعقاب تأكيده على أن المغرب يتحمل مسؤولية عرقلة الاستفتاء بشأن الحق في تقرير مصير الشعب الصحراوي، وقال الفايق في تصريحات تناقلتها كبرى الصحف في المغرب ومصر خلال اجتماع لجنة الشؤون الأفريقية بمجلس النواب، إن "القضية تمثل خلافا قويا بين الجزائر والمغرب التي تتشبث بتبعية الصحراء لها وتقف عقبة في طريق الاستفتاء على إقامة الدولة هناك والجزائر لديها نشاط أوسع وأقوى من المغرب في القارة وتدعم قيام الجمهورية الصحراوية"، وهو الموقف الذي أثار حفيظة المغاربة، لكنه عكس تجذر القضية الصحراوية ليس في القارة الافريقية، لكن في الهيئات القوية بواحد من أكبر الدول العربية و أكثرها تأثيرا في صناعة القرار العربي، و أكثر ما أزعج المغرب هو قول محمد فايق إن الدول العربية تجامل المغرب وترفض الاعتراف بجمهورية الصحراء، عدا الجزائر، وأرى شخصيا أن تقوم مصر بالتعامل مع الطرفين داخل الاتحاد الإفريقى"، وهي توصية ذات تأثير قوي على توجهات مصر وموقفها من القضية الصحراوية الذي قد يصب في الغالب اتجاه دعم تقرير مصير الشعب الصحراوي. ويرى محللون أن الموقف المصري قد تترجمه قرارات من داخل الاتحاد الافريقي من شأنها دعم مطالب الشعب الصحراوي بالحق في تقرير مصيره عبر الاستفتاء العام، وهذا ما سيربك المغرب الذي لا يزال يروج لانضمامه إلى الاتحاد الافريقي على أنه انتصار على الصحراويين والجزائر. وأدت زيارات ملك المغرب إلى عدة عواصم من شرق افريقيا إلى انزعاج مصري من تدخل الرباط في "مناطق نفوذ" الطرف المصري الذي يرى في تحركات الرباط اتجاه هذا الجزء من إفريقيا عملا ينتهك أولويات النشاط الديبلوماسي والسياسي في القارة السمراء، ما يجعل من الموقف اِلأخير لهيئة من هيئات مجلس النواب المصري دلالة قوية على عزم القاهرة المضي قدما نحو دعم القضية الصحراوية. ومن النادر جدا أن تحدث مسؤولون من مصر في النزاع الصحراوي المغربي بمثل هذه الحدة والجرأة في الطرح، الأمر الذي يعكس تغيرا واضحا في استرتيجية القاهرة في التعامل مع المسائل الجوهرية ذات الخلافات الكبرى في العالم العربي. حيث تنحاز العديد من الدول العربية إلى المغرب من باب المجاملة مثلما أعلن عنه المسؤول المصري أمام لجنة الشؤون الافريقية لمجلس النواب و أوصى سلطات بلاده بالتعامل مع ممثلي الصحراء الغربية على مستوى الاتحاد الافريقي بنفس المستوى الذي تتعامل به مع المغرب.