رغم الصور المروعة للهجوم المميت على البعثة الدبلوماسية الأمريكية في مدينة بنغازي الليبية، تصارع إدارة أوباما مع احتمال أن تكون مشكلتها على المدى الطويل تكمن في مصر، وليس ليبيا. جاء ذلك في مقال نشرته صحيفة نيويورك تايمز الأمريكية أوضح أنه قبل ساعات من الهجمات التي وقعت في بنغازي يوم الثلاثاء، تعرضت السفارة الأمريكية في القاهرة لحصار من المحتجين على فيلم مسيء للنبي محمد. وعلى الرغم من أن العنف هناك لم يسفر عن أي وفيات بين الأمريكيين، إلا أن الاستجابة الفاترة من الحكومة المصرية إزاء الهجوم، زادت من مخاوف المسؤولين في واشنطن، الذين يشعرون بالقلق بالفعل من اتجاه حكومة الرئيس مرسي الإسلامية الجديدة. وقال البيت الأبيض إن الرئيس أوباما أجري اتصالين هاتفيين بالرئيس مرسي ورئيس الجمعية الوطنية الليبية محمد المقريف في وقت مبكر أمسالخميس، وكانت لهجته مختلفة في الاتصالين حيث كشفت عن عدم الرضا عن استجابة القاهرة مقارنة بطرابلس. وأعرب أوباما للمقريف عن "تقديره للتعاون الذي تلقيناه من الحكومة الليبية والشعب في التصدي لهذا الهجوم الشائن" حسبما قال البيت الأبيض في بيان. وأشارت الصحيفة إلى أنه في الاتصال مع مرسي، لم يكن هناك ذكر للتقدير. وبدلا من ذلك، قال البيت الأبيض في بيان منفصل إن أوباما "أكد على أهمية مواصلة مصر التزامها بالتعاون مع الولاياتالمتحدة في تأمين المنشآت الدبلوماسية الأمريكية وموظفيها". وتحدث الرئيس أوباما في حديقة "روز غاردن" الأربعاء مشيرا إلى أن السلطات الليبية حاولت مساعدة الجهود الأمريكية لحماية الدبلوماسيين في بنغازي. وتابع "هذا الهجوم لن يحطم العلاقات بين الولاياتالمتحدة وليبيا" موضحا أن الليبيين "ساعدوا بعض دبلوماسيينا حتى يجدوا ملاذا آمنا، وحملوا السفير (الأمريكي كريستوفر) ستيفنز إلى المستشفى، حيث علمنا بأسى أنه توفي". وذكرت الصحيفة أن الرئيس أوباما رأى سببا أقل ليكون راضيا عن مصر، ثاني أكبر متلق للمساعدات الخارجية الأمريكية بعد إسرائيل، والتي تبلغ 2 مليار دولار سنويا. فقد وجه السيد مرسي توبيخا خفيفا لمثيري الشغب- وعلى موقع فيسبوك- بينما دعت حركته، الإخوان المسلمون، إلى يوم ثان من الاحتجاجات ضد الفيلم المسيء للنبي محمد والذي تسبب في إندلاع أعمال الشغب. وقال دينيس روس، المستشار البارز السابق لشؤون الشرق الأوسط في البيت الأبيض إن "شعب ليبيا مؤيد للولايات المتحدة، تماما لذلك فقد يصدر رد فعل عنيفا ضد المسؤولين" عن الهجوم على القنصلية الأمريكية. وأضاف روس أنه في مصر على النقيض "يواصل مرسي والإخوان المسلمون حياتهم وفقا لواقعهم الخاص. فإذا كانوا يرغبون في جذب أي قدر من الدعم الاقتصادي والاستثمار من الخارج، فسيتعين عليهم خلق بيئة يتوفر فيها الأمن".