أكد الرئيس المصري محمد مرسي أنه لن يسمح "بالإساءة أو التعدي على القوات المسلحة"، وذلك في أعقاب نشر صحيفة "الغارديان" البريطانية مقتطفات من تقرير لجنة تقصي الحقائق في الجرائم المرتكبة أيام ثورة 25 يناير وفي أعقابها تثبت تورط الجيش في تعذيب المعارضين. ودافع مرسي عن "الدور الذي تقوم به القوات المسلحة في حفظ أمن الوطن وحدوده"، وكتب في حسابه على تويتر ليلة الخميس 11 أفريل: "لن أسمح بالإساءة أو التعدي على القوات المسلحة، ولا يرضي أي مصري ذلك". وأفادت تقارير صحفية مصرية نقلا عن مصادر مطلعة أن مرسي عقد لقاءً مع المجلس الأعلى للقوات المسلحة مساء الخميس استغرق 4 ساعات وشهد تعبير قادة الجيش عن استيائهم من "محاولات الإساءة والتشويه التي تستهدف القوات المسلحة خلال الفترة الأخيرة من جانب بعض التيارات". ووصف مرسي "هذه المحاولات" بأنها "مغرضة وتستهدف الوقيعة بين الجيش ومؤسسة الرئاسة". وفي السياق ذاته، أوردت صحيفة "المصري اليوم" في عددها الصادر الجمعة عن مصدر عسكري قوله إن الهدف مما يتم تسريبه للصحافة المحلية والأجنبية حول تورط الجيش في جرائم ضد المتظاهرين أثناء ثورة 25 يناير، يأتي في إطار "الهجمة التي يحاول البعض شنها ضد المؤسسة العسكرية للنيل من القادة السابقين والحاليين واستقرار وثبات القوات المسلحة". وأضاف المصدر الذي لم تكشف الصحيفة عن هويته أن "المجلس الأعلى للقوات المسلحة ساند الثورة وكان داعما لها، وأوفى بوعده وسلم السلطة للرئيس المدني المنتخب، وكانت وظيفته حماية مصر وشعبها خلال الفترة التي قدمت القوات المسلحة فيها 58 شهيدًا، وأصيب المئات من أبنائها". هذا وكانت "الغارديان" البريطانية قد كشفت الخميس عن فصل جديد من تقرير لجنة تقصي الحقائق حول "سلوك الجيش خلال الاشتباكات بالعباسية في مايو 2012"، حيث أكد "وجود تواطؤ بين قوات الأمن، والجيش، والبلطجية، خلال هذه الاشتباكات"، بحسب الصحيفة. وزعم التقرير أن "أحد كبار الأطباء العسكريين أمر بمعالجة المتظاهرين الجرحى دون تعقيم، أو استخدام مخدر، فضلاً عن وجود تقارير تفيد بأن الأطباء والممرضات وبعض الضباط الكبار اعتدوا بالضرب على بعض الجرحى". هذا وقال موفد "روسيا اليوم" الى القاهرة إنه رغم تصريحات مرسي الداعمة لدور الجيش، فان المراقبين والخبراء المحليين يتوقعون إجراء تعديلات جوهرية في صفوف القيادات العسكرية الكبرى في الفترة المقبلة. وأوضح موفد القناة أن هذه التعديلات قد تكون تدريجية وشبه جذرية، ولكن لا يتحدث أحد عن إقالة وزير الدفاع الآن.