Une population de 1 350 chercheurs active à l'université Badji Mokhtar. Ils sont répartis à travers 48 filières de recherche structurées au sein de 7 facultés. Le plus grand nombre de chercheurs se trouve dans la faculté des sciences avec plus d'une vingtaine d'axes de recherche ciblant notamment la chimie appliquée, le traitement des eaux et valorisation des déchets industriels, la biologie végétale et environnement, la neuro-endocrinologie et l'éco-biologie des milieux marins. Des projets de recherche scientifique sont en cours d'exécution dans d'autres facultés ; ils concernent notamment l'informatique, l'électronique, le génie civil et de l'environnement, la métallurgie et la mécanique des matériaux et maintenance industrielle. Le développement de la recherche scientifique demeure cependant lié aux besoins qui devraient être formulés par les opérateurs économiques soucieux d'améliorer leur process de production et les rendements au double plan de la qualité et de la quantité.
