أصبح وزير الشؤون الدينية والأوقاف محمد عيسى في ورطة حقيقية بسبب تعاظم الانتقادات الموجهة له وللوزارة التي يشرف عليها وهي انتقادات لا يقتصر مصدرها على المتتبعين بل يتعداهم إلى الأئمة ممثلين في نقاباتهم المختلفة التي تضيّق الخناق على عيسى يوما بعد آخر.. ومثلما أخفق وزير الشؤون الدينية في الاستجابة لكثير من مطالب ممثلي الأئمة وعمال قطاعه وفي مقدمتها رفع الأجور ما فتح عليه أبوابا واسعة من الغضب والانتقاد لم ينجح محمد عيسى في تجنب الوقوع في فخ فشل موسم الحج رغم كل الجهود المعلنة ورغم كل الكلام الذي قيل قبل انطلاق الموسم الذي قيل أنه سيكون استثنائيا قبل أن يعود كثير من الحجاج ناقمين على الخدمات المقدمة لهم فيما لم يعد عشرات الحجاج الآخرين بعد أن قضوا نجبهم في البقاع المقدسة لأسباب مختلفة.. ولم يتردد المجلس الوطني المستقل للأئمة وموظفي الشؤون الدينية في مهاجمة وزارة الشؤون الدينية ومسؤولها الأول محمد عيسى حيث انتقد مسار حج هذه السنة وتساءل عن حج الكرامة الموعود ورأى أن ما شهده حجاجنا هذه السنة غير بعيد عن ما شهدته المواسم السابقة. ولم يتوان المجلس الوطني المستقل للأئمة وموظفي الشؤون الدينية في انتقاد الموقف المتخاذل لوزارة عيسى إزاء قضية المفقودين في قضية التدافع التي هزت منى حيث استنكر عدم ضغط الوصاية على السلطات السعودية للتعرف على المفقودين والمتوفين من الحجاج في حادثة منى وعدم اتخاذ التدابير اللازمة أثناء الأزمة .