يشكل موضوع النظام السياسي الذي سيعتمد في الدستور المرتقب لتونس محورا رئيسيا في جلسات المجلس التأسيسي حيث ازدادت الخلافات بين التشكيلات السياسية الفاعلة حول تبني النظام البرلماني او الرئاسي او النظام الذي يجمع بين النموذج البرلماني والرئاسي معا . وكانت المعارضة السياسية التونسية الممثلة في المجلس التاسيسي والغير ممثلة قد اتهمت السلطة التنفيذية بتعمد الاطالة في فترة عملها مطالبة اياها بالتعجيل في اعداد دستور البلاد الجديد الذي يتضمن طبيعة النظام السياسي المستقبلي والتحديد الرسمي والصريح لمدة مهامها والإعداد لتنظيم الانتخابات المقبلة مباشرة بعد صياغة الدستور . وقد وضعت الحكومة التونسية المؤقتة مؤخرا حدا للجدل الدائر في البلاد حول ضرورة وضع سقف زمني للمرحلة الانتقالية الثانية مؤكدة ان الانتخابات المقبلة لن تتجاوز صائفة 2013 . وتترافع حركة النهضة الاسلامية الفائزة بانتخابات المجلس التاسيسي في برنامجها السياسي من اجل اقامة نظام برلماني يعتمد على برلمان منتخب ذي غرفة واحدة يتولى انتخاب رئيس الجمهورية الذي يعين رئيس الحكومة من الاغلبية البرلمانية والذي يعد مسؤولا امام البرلمان المكلف بالسلطة التشريعية . ولم يفت رئيس الحكومة التونسية المؤقتة حمادي الجبالي امين عام حركة النهضة الاسلامية التاكيد على ان حزبه يدافع عن رؤيته المتمثلة في ارساء نظام برلماني وفي حال عدم التوصل الى توافق بخصوص هذه المسالة فان الضرورة " تتطلب اللجوء الى التصويت ". وترى الحركة ان البلاد عنت كثيرا من "الاستبداد والفساد" وان تبني النظام البرلماني يمنح دورا مركزيا للسلطة التشريعية ويسمح بالحد من نسبة احتمال الانفراد بالسلطة . لكن حزب "المؤتمر من اجل الجمهورية " الشريك في التحالف الحكومي يرى ان النظام السياسي المستقبلي لابد ان يرتكز على توزيع الصلاحيات داخل السلطة التنفيذية بين رئيس الجمهورية والوزير الاول في ظل نظام رئاسي "متوازن قصد اقامة دولة المواطنة " . وبدوره فان حزب "التكتل الديموقراطي من اجل العمل والحريات " العضو في الائتلاف الحكومي قد اكد "ضرورة تبني"نظام سياسي" يؤمن الديموقراطية والاستقرار ويضمن الفصل والتوازن بين السلطات" مع انتخاب رئيس الجمهورية انتخابا عاما ومباشرا لمدة 5 سنوات على ان يتم اختيار الوزير الاول من طرف الاغلبية البرلمانية . وتدعو هذه التشكيلة السياسية التي يتزعمها مصطفى بن جعفر رئيس المجلس التاسيسي الى تحديد دقيق لصلاحيات رئيس الدولة ومهامه ومهام الحكومة بما يحقق التوازن بينهما. وحسب المتتبعين فان هذه الاختلافات في الرؤى بخصوص طبيعة النظام السياسي الذي سيتم اقراره في الدستور المرتقب ستجعل الجدل حادا بين الاطراف السياسية الفاعلة خاصة وان مكونات المجلس التاسيسي التونسي على اختلاف انتماءاتها السياسية تبدو متجهة نحو النظام الرئاسي المعدل الذي يجمع بين النموذجين البرلماني والرئاسي. ولئن تمكنت أحزاب حركة النهضة الاسلامية والمؤتمر من اجل الجمهورية والتكتل الديموقراطي من اجل العمل والحريات من التوصل إلى أرضية مشتركة بخصوص برنامج عمل الحكومة المؤقتة إلا أن ذلك حسب المراقبين "لايعني توافق" الاطراف الثلاث حول طبيعة النظام السياسي المستقبلي الذي سيتم تضمينه في الدستور بما يعني ضرورة المرور إلى التصويت لحسم المسألة في ظل اختلاف الأطروحات السياسية بين الكتل الثلاث باعتبار أن حزبي التكتل والمؤتمر يرافعان من اجل اقرار نظام سياسي يوازن بين النظامين البرلماني والرئاسي في حين تصر حركة النهضة الاسلامية على تبني النظام البرلماني المحض .
