قال المستشار السابق بوزارة الشؤون الدينية عدة فلاحي، إن وزير الشؤون الدينية والأوقاف، محمد عيسى "عاجز عن حماية المرجعية الدينية الوطنية وتنصل من مسؤوليته في تسيير قطاع الشؤون الدينية". وفي منشور له على صفحته الرسمية بموقع التواصل الإجتماعي "فيسبوك"، انتقد فلاحي ما وصفه ب"تحجج وزير الشؤون الدينية والأوقاف، محمد عيسى وترديده لاسطوانة قديمة مفادها وجود أجندة أجنبية تحاول زرع الفتنة الطائفية في الجزائر". وأوضح بقوله: "لازال محمد عيسى يتخبط في آرائه ومواقفه ويردد اسطوانة قديمة بخصوص انخراط المخابر الأجنبية ومخطط زرع الفتنة الطائفية وبالتالي هو يريد أن يتنصل من تحمل مسؤوليته وعجزه في تسيير القطاع وتطويره حتى يكسب مناعة داخلية وخارجية". وأشار عدة فلاحي إلى أن "المرجعية الدينية الوطنية غير محصنة من الداخل بسبب ضعف تكوين الإطارات الدينية وتخلف الخطاب المسجدي الذي هيمنت عليه ثقافة الكراهية، التعصب، الغلو، التكفير، العنف والخرافة"، موضحا أن "استخدام المساجد لغير الغرض الذي أسست من أجله زاد من تأزم الوضع". واتهم المستشار السابق بوزارة الشؤون الدينية، بعض المنابر الإعلامية (لم يسمها) بإذكاء نار الخصومة والصدام وقال: "كما لا يمكن أن ننسى ونتجاوز تمرد بعض الأشخاص على المرجعية الدينية الوطنية مستغلين في ذلك بعض المنابر الإعلامية التي تأسست حديثا و هم بذلك لا يزيدون إلا في إذكاء نار الخصومة و الصدام بسبب استدعائهم لبعض المشاهد التاريخية التي سالت فيها دماء المسلمين بما فيهم الجيل الأول من الصحابة الكرام". وكان للتيار اليساري نصيبه من التهم أيضا، حيث حمّل عدة فلاحي هذا التيار ما وصفه ب"مسؤولية التشويه العقائدي من خلال مواقعه الثقافية والفنية والجامعية تحت غطاء حرية التفكير والاجتهاد لحسابات سياسية وحتى نفسية بينه وبين التيار المحافظ".