لم تضع الحرب الإعلامية أوزارها بين السلطات الإماراتية وجماعة الإخوان المسلمين في مصر، فبعد التصريحات النارية التي كان قد أطلقها ضاحي خلفان، قبل وبعد فوز مرسي بكرسي الرئاسة. خرج وزير الخارجية الإماراتي الشيخ عبد الله بن زايد آل نهيان، بتصريحات مماثلة يتهم فيها تنظيم الإخوان بأنه لا يؤمن بالدولة ولا بسيادة الدول. أكد وزير الخارجية الإماراتي، أن بلاده لن تقبل وجود تنظيمات ترى أنها فوق أنظمة الدول، وتحاول فرض رؤية تعتقد أنها الأصلح للعالم، في إشارة إلى تنظيم الإخوان المسلمين. ورفض بن زايد، خلال مؤتمر صحفي في أبو ظبي، التعليق على حالات الاعتقال تلك، قائلا: "لا أود أن أعقب على الإجراءات القضائية بشأن الموقوفين"، وفقا لما أوردته وكالة أنباء الإمارات التي تديرها الدولة. لكنه أردف قائلا: "كما تعرفون أن فكر الإخوان المسلمين لا يؤمن بالدولة الوطنية، ولا يؤمن بسيادة الدول، ولهذا السبب ليس غريبا أن يقوم التنظيم العالمي للإخوان المسلمين بالتواصل والعمل على اختراق هيبة الدول وسيادتها وقوانينها". وقال: "لا بد أن نتواصل مع دول مختلفة للتعاون ولتوضيح وجهات النظر، هناك أخطاء ترتكب من قبل بعض الأفراد أو التنظيمات لاستغلال الدول"، وفقا للوكالة الإماراتية. وأضاف الوزير الإماراتي قائلا: "لا أحد ضد أي عمل يقوم به أفراد يحترمون سيادة وقوانين الدول، ولكن هناك إشكالية عند الدول في حالة وجود تنظيم يعتقد أن هناك هيبة ومكانة وقدرة لدى جهات معينة، يمكنها أن تخترق السيادة، وهذه الجهات تعترف أنها كيانات شمولية تريد أن تعتدي وتخترق أنظمة وقوانين وسيادة تلك الدول". وأشار إلى "أن الإمارات أو أي بلد في العالم، لا يقبل أن تكون هناك أنظمة ترى في نفسها أنها أنظمة مهيمنة، وأنها فوق أنظمة الدول فقط، لأن لديها ميثاقا أو رؤية تعتقد أنهما الوحيدان الصالحان لكل دول العالم". وكان الدكتور عصام العريان، مستشار الرئيس، والقائم بأعمال رئيس حزب الحرية والعدالة حاضرا وجاهزا للرد على التصريحات التي أدلى بها وزير خارجية الإمارات، والتي ينتقد فيها جماعة الإخوان المسلمين. ورد العريان عبر حسابه الشخصي بموقع التواصل الاجتماعي "فيسبوك"، مستشهدا ب"رسالة إلى أي شيء ندعو الناس" للإمام حسن البنا، مؤسس جماعة الإخوان المسلمين: "هنا ترى أن الفكرة الوطنية صارت حرزا هاما واضحا في الفكرة الإسلامية، واجتمع بذلك للمسلم ما لم يجتمع لغيره من أبناء أمم أخرى أن يعمل للوطن وأن يعمل للإنسانية كلها دون تعارض أو اختلاف، ولم يجتمعا من قبل في مبدأ من المبادئ التي عرفها الناس من قبل ومن بعد". وأضاف: "ويقول إن الذين يظنون أن الإسلام يهدم الوطنيات مخطئون انه يفترض على أبنائه حماية أرضهم وأن الذين يظنون أن الإسلام عصبية خطيرة على العالم مخطئون انه أخوة توحد بينهم وتسوى صفوفهم، وإن الذين أدركوا الإسلام حق إدراك علموا أنه بحق صيانة للوطن ورحمة للعالمين". أما وزارة الخارجية، فرفضت التعقيب على تصريحات وزير خارجية الإمارات، وقال الوزير مفوض عمرو رشدي، المتحدث الرسمي باسم الخارجية المصرية ل"اليوم السابع"، أن الوزارة "لا تعقب سوى على التصريحات التي تتعلق بالدولة المصرية ومسؤوليها الرسميين فقط".