وصف خبراء سياسيون مصريون أحكام المحكمة العسكرية بالسجن على 25 من قيادات جماعة الإخوان المسلمين، بأنها قاسية، واعتبروا أنها تدشن مرحلة جديدة في علاقة النظام بالجماعة تعتمد على إقصاء الإخوان، والتراجع عن فكرة احتوائهم سياسيا. وحث هؤلاء الخبراء في تصريحات ل موقع "إسلام أون لاين.نت" الإخوان على مراجعة استراتيجيتهم، وتصحيح مسار علاقاتهم بالنظام والنخب السياسية والشارع الذي انعزلوا عنه بسبب "انكفائهم على مصالحهم". واستبعدوا في الوقت ذاته أن تؤدي مصادرة أموال وشركات بعض قيادات الجماعة المحكوم عليهم إلى "تجفيف منابع تمويل الجماعة". واعتبر خليل العناني الخبير بمركز الأهرام للدراسات السياسية والاستراتيجية بالقاهرة أن "هذه الأحكام تمثل نقطة تحول في علاقة الإخوان مع النظام، فهذه أكثر الأحكام تعسفا خلال نصف قرن؛ مما يعكس رغبة شديدة من النظام لشل حركة التنظيم، وإقصائه سياسيا". ورأى أيضا أنها تعكس تغيرا واضحًا في العلاقة بين الطرفين، حيث يعني ذلك أن معادلة الاحتواء دون الدمج جرى دفنها بهذه الأحكام، وإن معادلة جديدة برزت، وهي الإقصاء السياسي والاجتماعي الكامل. وطالب العناني الجماعة ب"اتخاذ خطوات لتصحيح مسارها، أولها إعادة التفكير في استراتيجية مختلفة للتعاطي مع النظام تتمثل في خيار لا غيره، وهو الحوار عبر قنوات خلفية. واستبعد المحلل أن تلجأ الجماعة إلى التصعيد واستغلال الاحتقان الشديد في الشارع جراء ارتفاع الأسعار والأزمات الاقتصادية، لأن هذه الجماعة تنتهج "سياسة امتصاص الصدمات". من جهته، رجح الخبير السياسي وحيد عبد المجيد ألا تؤثر الأحكام على البنية التنظيمية للجماعة، غير أنه استدرك لافتا إلى "احتمال نشوب نزاع داخلي على خلافة الشاطر" الذي حكم عليه بالسجن لمدة 7 سنوات.