أعاد الرئيس بوتفليقة تنظيم قطاع الشؤون الخارجية في مرسوم رئاسي حدد بدقة مهام كل مصلحة من مصالح الوزارة، التي ظلت تسير لسنوات برأسين إلى غاية إبعاد رمطان لعمامرة واستخلافه بوزير الشؤون المغاربية والاتحاد الإفريقي والجامعة العربية سابقا، عبد القادر مساهل. وأهم ما أفرزته الهيكلة الجديدة، هو اختفاء أحد الديوانين اللذين كانا قائمين إلى غاية ماي المنصرم، وهو إجراء فرضه "إعادة النظام"، إلى القطاع الذي كان يسيّر برأسين، وكذا الأزمة الاقتصادية التي تمر بها البلاد، والتي تقتضي فرض الكثير من الصرامة في ترشيد المال العام. وهكذا أصبح للوزارة ديوان واحد، وهو ديوان عبد القادر مساهل وزير الخارجية (الوحيد) الذي لم يعد ينازعه في صلاحياته غير رئيس الجمهورية، باعتباره هو المسؤول الأول والموجه الوحيد للدبلوماسية الجزائرية. أما بقية المصالح فلم يطرأ عليها الكثير من التغيير، باستثناء تقليص بعض المديريات وإدماج البعض الآخر. وتحدثت الهيكلة الجديدة، كما جاء في المادة الأولى، عن تكليف الأمين العام بمهام المكتب الوزاري للأمن الداخلي في المؤسسة. ويلي الأمين العام، السفراء المستشارون ورئيس الديوان، ثم المفتشية العامة، فالمديرية العامة للتشريفات، التي كلفت بالمسائل المتعلقة بالبعثات الدبلوماسية والقنصلية والأجنبية بالجزائر، وكذا البعثات الجزائرية بالخارج، والممثليات الدبلوماسية الدولية والمراكز الثقافية، ومتابعة أعضاء البعثات والممثليات، في إطار اتفاقيات فيينا حول العلاقات الدبلوماسية والقنصلية. وتنقسم مديرية التشريفات حسب المادة الثانية من المرسوم الحامل للرقم 17 /262، المتضمن تنظيم الإدارة المركزية لوزارة الشؤون الخارجية، إلى مديرية الحصانات والامتيازات الدبلوماسية، التي توكل لها مهمة إصدار المستندات والوثائق الرسمية وتقديم طلبات التأشيرة إلى البعثات الأجنبية لصالح أعوان وزارة الشؤون الخارجية ومبعوثي الدولة. وتضم هذه المديرية (مديرية الحصانات) مديرية فرعية خاصة بحصانات المستخدمين الدبلوماسيين والمحلات الدبلوماسية، ومهمتها متابعة المسائل المتعلقة بالحصانات المعترف بها للمستخدمين الدبلوماسيين ومن في مقامهم من المعتمدين بالجزائر، ومسك القوائم القنصلية، والمسائل المتعلقة بالمحلات الدبلوماسية. كما تضم أيضا المديرية الفرعية للامتيازات الدبلوماسية والقنصلية، ومهمتها إصدار المستندات ووثائق الهوية للسلك الدبلوماسي وأعضاء المنظمات الدولية والبعثات الأجنبية ذات الطابع الخاص، وكذا التأشيرات على المستندات الدبلوماسية، فضلا عن الإعفاءات المتعلقة بالامتيازات الدبلوماسية، يضاف إليها المديرية الفرعية للمستندات ووثائق السفر. وضمت الهيكلة الجديدة مديرية خاصة بالمراسيم والزيارات الرسمية والمؤتمرات، ومديرية أخرى خاصة بالاعتمادات والمقابلات والزيارات الرسمية، ومديرية فرعية للمؤتمرات. ومن بين المديريات المركزية في الوزارة، توجد المديرية العامة للبلدان العربية، وهي التي تسهر على تنفيذ سياسة الجزائر مع العام العربي والمنظمات العربية والمغاربية المتخصصة، وكذا السهر على تطوير العلاقات مع البلدان العربية وإعداد الملفات المتعلقة بذلك. كما تضم هذه المديرية مديريات فرعية خاصة بكل من المغرب العربي واتحاد المغرب العربي، ومديرية المشرق العربي وجامعة الدول العربية. إلى جانب ذلك، هناك مديريات مركزية أخرى، على غرار المديرية العامة لإفريقيا والمديرية العامة لأوروبا والمديرية العامة لأمريكا، والمديرية العامة لآسيا وأوقيانوسيا، وتكلف بالسهر على تنفيذ السياسة الوطنية تجاه كل منطقة على حدا، على الصعيدين الثنائي والمتعدد الأطراف وتنسيقها، فضلا عن ترقية نشاطات التعاون. وتضم الوزارة أيضا مديريات خاصة بالهيئات والمنظمات غير الحكومية، ومديريات خاصة بالأمن ونزع السلاح، والتعاون الدولي في مجال الاقتصاد والمالية، والمؤسسات الدولية المتخصصة.