ولد الشيخ محمد الأخضر بن الحسين بن علي بن عمر في مدينة نَفْطة بتونس في 16 أوت 1876م، وأصل أسرته من الجزائر، من عائلة العمري، من قرية طولڤة، بولاية بسكرة، وأصل أمّه من وادي سوف. نشأ الشيخ في هذه البيئة طالبًا للعلم فحفظ القرآن، ودرس العلوم الدينية واللغوية على يد عدد من العلماء، منهم خاله الشيخ محمد المكي بن عزوز الّذي كان يرعاه ويهتم به. ولمّا بلغ سن الثالثة عشرة انتقل إلى تونس مع أسرته ودرس في جامع الزيتونة، وتخرَّج سنة 1898م، وألقى دروسًا في الجامع في فنون مختلفة متطوّعًا. تولّى الشيخ حسين منصب القضاء في بلدة بنزرت بتونس، ثمّ غادرها متوجّهًا إلى الشام لزيارة إخوته، سنة 1912م، ومرّ بمالطة والإسكندرية ثمّ القاهرة، وألقى درسًا في الأزهر، ثمّ ترك القاهرة إلى بورسعيد فيافا وحيفا، وفي كل مدينة من المدن كان يزور الأدباء والعلماء ويطّلع على الكتب. ثمّ دخل الشام فاستُقبِل استقبالاً حافلاً، وألقى دروسًا في الجامع الأموي في الحديث، واتّصل بالعلماء والأدباء، ثمّ غادرها إلى بيروتوإسطنبول ليزور خاله الشّهير محمد المكي بن عزوز الّذي اتّخذها موطنًا له، ثمّ إلى تونس الّتي خرج منها -إلى غير رجعة- بعد تضييق الاستعمار الفرنسي عليه، في ديسمبر 1912م، فوصل دمشق ثمّ غادرها إلى الحجاز للحجّ، وزار ألبانيا ودار في البلقان، ثمّ ذهب إلى الأستانة (إسطنبول)، ثم إلى دمشق. درّس في دمشق بالمدرسة السلطانية، إلى غاية سجنه سنة 1916م، ولمّا سقطت الشام في أيدي الفرنسيين، هرب إلى مصر، وبقي فيها إلى نهاية حياته المباركة، حيث اختير للتّدريس في قسم التخصّص بالأزهر، ثمّ تولّى رئاسة تحرير مجلة الأزهر، وبعدها مجلة “لواء الإسلام”، وعيِّن عضوًا لهيئة كبار العلماء سنة 1950م، إلى أن اختير شيخًا للأزهر الشّريف بعد ثورة جويلية في سنة 1952م. توفي، رحمه الله تعالى، في رجب سنة 1958م عن أربع وثمانين سنة، ودفن في القاهرة في مقبرة أصدقائه آل تيمور، وأهدى مكتبته العلمية النادرة الضخمة لزوجه الأخيرة.