لما هاجر المصطفى صلى الله عليه وسلم من مكة إلى المدينة واستقرّ بها وادع مَن كان فيها من اليهود، وعقد معهم معاهدة عدم اعتداء، وكانت معاهدة فريدة من نوعها، فقد كانت بمثابة الدستور الذي ينظم شؤون من في المدينة، وقد اصطلح أهل السير على تسمية هذه المعاهدة بوثيقة المدينة، وقد تضمنت بيان حقوق كل من الطرفين المسلمين واليهود، وأمضى اليهود الوثيقة واتفقوا مع النبي على ما فيها، إلا أنهم نقضوا تلك المعاهدة سريعا، وبدءوا يمارسون ما اشتهروا به من نبذ المواثيق ونسج المكائد والمؤامرات، فمن مكائد يهود بني قينقاع أنهم استغلوا انشغال النبي صلى الله عليه وسلم مع المسلمين في غزوة بدر، فتحرش بعضهم بامرأة مسلمة وكشفوا عن جسدها أمام الناس في السوق، فصرخت المرأة، فثار رجل من المسلمين وقتل اليهودي، فتجمع عليه اليهود فقتلوه، وعاد النبي صلى الله عليه وسلم من بدر، واستدعى اليهود ليسألهم عما وقع من بلاء وشر، فأغلظوا له في الكلام، بل أرسلوا ورقة المعاهدة واستعدوا للقتال، وغمزوا المسلمين في انتصارهم على المشركين يوم بدر، وقالوا: إنكم لاقيتم من لا علم لهم بالحرب، ولو نازلتمونا لعرفتم من نحن. فكانوا يتهددون بالحرب ويدعون للمناجزة مع أن المسلمين لم يُفكروا في ذلك ولم يريدوا ذلك، فحاصرهم النبي صلى الله عليه وسلم في حصونهم، فلما رأوا أنهم لا قبل لهم بمحاربة المسلمين سألوا النبي صلى الله عليه وسلم أن يُخلي سبيلهم على أن له الأموال ولهم الذرية والنساء، فقبل منهم وطردهم من المدينة، وأخذ المسلمون من حصنهم سلاحا وآلة كثيرة. أما يهود بني النضير فقد نقضوا العهد وحاولوا قتل النبي صلى الله عليه وسلم، ففي السنة الرابعة للهجرة خرج النبي صلى الله عليه وسلم إلى بني النضير يستعينهم في دية رجل لما بينه وبينهم من العهد والميثاق أن يتعاونوا على ذلك، فأظهروا له القبول وأجلسوه عند حائط وطلبوا منه الانتظار حتى يأتونه بالمال، لكنهم تآمروا على قتله واتفقوا على أن يقوم عمرو بن جحاش بإلقاء الرحى على النبي صلى الله عليه وسلم من فوق الجدار، فأتى رسولَ الله صلى الله عليه وسلم الخبرُ من السماء، فقام وخرج راجعا إلى المدينة، ثم عاقبهم النبي صلى الله عليه وسلم بإجلائهم عن المدينة إلى خيبر، فخرجوا وقد حملوا متاعهم على ستمائة بعير، فهدموا بيوتهم ونزعوا أبوابها ونوافذها بأيديهم وخرجوا إلى خيبر. أما يهود بني قريظة فقد نقضوا العهد الذي بينهم وبين المسلمين وتحالفوا مع المشركين يوم الأحزاب على قتال رسول الله صلى الله عليه وسلم، فلما خذل الله الأحزاب وفرق جمعهم وانصرفوا خرج النبي صلى الله عليه وسلم في ثلاثة آلاف لمعاقبة بني قريظة، فحاصرهم وضيّق عليهم، فطلبوا من النبي صلى الله عليه وسلم النزول على حكم سعد بن معاذ رضي الله عنه، فحكم فيهم بأن يُقتل الرجال القادرون على القتال، وتسبى النساء والذرية، وتقسم أموالهم. وهذا الحكم هو الذي اختاره اليهود، لأنهم طلبوا أن يحكم فيهم سعد بن معاذ ظنا منهم أنه سوف يميل إليهم لعلاقتهم مع الأوس، وقد كان اليهود يعاقبون أسراهم بأكثر من ذلك، فقد ورد في التوراة في سفر العدد ما يلي: "وسبى بنو إسرائيل نساء مديان وأطفالهم، ونهبوا جميع بهائمهم وجميع مواشيهم وكل أملاكهم، وأحرقوا جميع مدنهم بمساكنهم وجميع حصونهم بالنار. وسخط موسى وقال: هل أبقيتم كل أنثى حية؟ فالآن اقتلعوا كل ذكر من الأطفال، وكل امرأة عرفت رجلا بمضاجعة ذكر اقتلوها، لكن جميع الأطفال من النساء اللواتي لم يعرفن مضاجعة ذكر أبقوهن لكم حيات". ومعاذ الله أن يحكم موسى عليه السلام بهذه الإبادة الجماعية، ولكن هكذا حرّفوا التوراة وكان حكمهم في أسراهم، فاستحقوا أن ينالوا بمثل ما فعلوا.