لا يزال مقتل مختار بلمختار أحد أبرز قادة تنظيم القاعدة محل جدل و لبس كبيرين، ففي وقت أكدت أخبار مقتله لم يتم لحد السّاعة العثور على جثته، التي يتواصل البحث عنها في ليبيا، و أعرب المتحدث باسم وزارة الدفاع الأمريكية، الكولونيل ستيف وارن، عن ثقته في أن غارات أمريكية قتلت مختار بلمختار، ولكن نُقل عن إسلامي معروف بصلاته بمتشددين ليبيين قوله إن غارات الولاياتالمتحدة لم تصب مختار بلمختار، وإنما قتلت أربعة أعضاء من جماعة إسلامية ليبية متشددة، وكانت تقارير قد أفادت بمقتل بلمختار غير مرة في الماضي، وتبين عدم صحتها.