L'ASO Chlef disputera le match aller à Chlef entre le 30 janvier et le 1er février 2009 avant de se rendre en Guinée pour le match retour prévu les 13, 14 ou le 15 février. En cas de qualification, les partenaires du capitaine Samir Zaoui affronteront un gros morceau, à savoir l'équipe tunisienne de l'ES Sahel, finaliste de la Coupe de la Confédération africaine cette saison et ancien vainqueur de la Ligue des champions. Les Algériens se déplaceront à Sousse pour le match aller prévu entre le 13 et le 15 mars, tandis que le match retour aura lieu les 3, 4 ou le 5 avril à Chlef. Quand à la JS Kabylie, elle affrontera au second tour le vainqueur de la double confrontations entre Ahly Tripoli (Libye), entraîné par l'Algérien Noureddine Saâdi, et l'AS Police (Niger). Les Canaris joueront la première manche prévue entre le 13 et le 15 mars à domicile avant le match retour qui se déroulera entre le 3 et le 5 avril. En 1/8e de finale, un face à face entre la JS Kabylie et l'ASO Chlef n'est pas impossible, à condition que les deux représentants algériens se qualifient pour ce tour. La JS Kabylie, en cas de qualification, sera opposée, en effet, au vainqueur de la double confrontation entre l'ES Sahel et l'équipe qualifiée du match ASO Chlef – Fello Stars. Le match aller se déroulera entre le 17 et le 19 avril, tandis que le retour est fixé pour les 1er, 2 ou 3 mai. En coupe de la confédération africaine, la JSM Béjaïa et l'ES Sétif sont exempts du tour préliminaire. Les deux équipes algériennes effectueront leur entrée en lice en 1/16e de finale. La JSM Béjaïa affrontera le vainqueur de la double confrontation entre Benfica (Guinée Bissau) et ASC Yakar (Sénégal). Le match aller se jouera en déplacement. Quant à l'ES Sétif, elle sera opposée au vainqueur de Tanzania Prisons et les Libyens de Khaleedj Sert. Les Sétifiens joueront à l'extérieur le match aller. En cas de qualification pour les 1/8es de finale, la JSM Béjaïa croisera le fer avec le qualifié de Stade Tunisien – Stade Malien. Le match aller se déroulera à Béjaïa. De son côté, l'ES Sétif, en cas de qualification, affrontera le vainqueur de Clube Recreativo de Libolo (Angola) et le qualifié entre Mighty Barolle (Liberia) et SOA (Côte d'Ivoire). Les Sétifiens joueront le match aller à domicile.
