Charles Koenig avait l'Algérie au cœur. C'est lui, avec Louis Rigaud et quelques amis syndicalistes, qui, en collaboration avec le gouvernement naissant de l'Algérie indépendante, a contribué à assurer, en mobilisant plus de huit mille instituteurs français restés en Algérie, la rentrée scolaire de septembre 1962. Il voulait une Algérie plurielle et fraternelle. Entré dans ce combat dans les années 1950, il s'y est plus complètement engagé dès son installation à l'exécutif provisoire, où il fut ministre en 1962. Charles Koenig était issu d'une famille d'Alsaciens venus s'installer en Algérie après la perte de l'Alsace-Lorraine en 1870. La mère de Charles Koenig, Céline Koenig, était couturière à Saïda, en Algérie. Charles fit ses études à l'école primaire du square Flinois de Saïda, et à l'école primaire supérieure Ardaillon d'Oran. Après le brevet supérieur, il obtint le certificat d'aptitude pédagogique. Il fut nommé instituteur à Marhoum, dans la région des Hauts-Plateaux, en octobre 1942. En octobre 1945, il fut nommé instituteur à Saïda, à l'école indigène Jonnart puis à l'école primaire du Square Flinois. Il passa le certificat d'aptitude à l'enseignement dans les collèges et devint professeur de lettres, histoire et géographie au collège d'enseignement général (CEG) du Square Flinois, puis au collège de garçons Jules Ferry de Saïda. De 1947 à 1954, pendant les vacances scolaires, il dirigea des colonies de vacances (ville de Perrégaux et Fédération des œuvres laïques Fol d'Oran). Adhérent du Syndicat national des instituteurs en 1945, il fut secrétaire du groupement de l'arrondissement de Saïda du SNI de 1954 à 1959 et, à ce titre, membre de la commission administrative de la section du SNI du département d'Oran. Aux élections municipales d'avril 1959, Charles Koenig fut élu sur une liste composée d'Européens et de musulmans et devint maire de Saïda, où il reçut, peu après, la visite du président de la république, Charles de Gaulle, le 27 août. Le 12 mars 1962, Charles Koenig, convoqué à Paris par Louis Joxe, ministre d'Etat chargé des Affaires algériennes, se vit proposer de faire partie de l'Exécutif provisoire chargé de préparer et de mettre en œuvre l'autodétermination en Algérie. Le 18 mars, les accords d'Evian furent signés et le lendemain parurent les décrets organisant la période intermédiaire et créant l'Exécutif provisoire algérien. L'Exécutif provisoire fut installé à Rocher-Noir ( Boumerdès), près d'Alger, officiellement le 7 avril. Présidé par Abderahmane Farès, il comprenait 5 représentants du Gouvernement provisoire de la République algérienne (GPRA), 4 Algériens désignés par le gouvernement français (dont le président Abderahmane Farès) et 3 citoyens français également désignés par le gouvernement français, dont Charles Koenig, à qui revinrent les attributions de délégué aux travaux publics. Dans ces fonctions, Charles Koenig établit le contact avec les responsables du SNI en Algérie, Marcel Dubois et Louis Rigaud et avec Pierre Desvalois, secrétaire général du SNI, à Paris. Il s'agissait de donner des garanties aux personnels qui assuraient le fonctionnement des services publics et tout particulièrement des enseignants. Une délégation nationale du SNI, de la FEN et de la MGEN séjourna à Rocher-Noir du 15 au 18 juin pour examiner, à la lumière des accords d'Evian, comment assurer dans de bonnes conditions la continuité de l'enseignement en Algérie et préparer la rédaction de protocoles d'accord de coopération technique. Une seconde visite de James Marangé, au nom du SNI et de la FEN, le 29 juin, fut nécessaire pour arriver à un projet de protocole de coopération relatif aux enseignants, acceptable, qui permit d'effectuer la rentrée scolaire d'octobre 1962 en Algérie. L'indépendance de l'Algérie fut proclamée le 2 juillet 1962. L'Assemblée constituante algérienne fut élue en septembre. Charles Koenig y fut élu député pour le département de Saïda. Après l'élection de Ben Bella à la présidence de la République, les délégués de l'Exécutif provisoire transmirent leurs pouvoirs aux ministres du premier gouvernement algérien. Charles Koenig transmit les pouvoirs concernant les travaux publics, les transports, l'hydraulique et la construction à A. Boumendjel et ceux concernant le tourisme à A. Bouteflika, à Rocher-Noir, le 15 octobre 1962. Il continua cependant à apporter son concours au nouveau ministre des Travaux publics et l'accompagna dans des négociations à Paris, en février 1963. Il avait milité pour le multipartisme au sein de l'Exécutif provisoire où il rencontra une fin de non-recevoir de la part des représentants du FLN et du pouvoir français qui recula sur cette question de peur de remettre en cause les accords d'Evian. L'Assemblée constituante acheva ses travaux en septembre 1963. Charles Koenig reprit alors un poste de professeur au CEG Mont Riant à Alger. Il fut élu secrétaire général de l'Association professionnelle des instituteurs français en Algérie (Apifa), en réalité la section du SNI en Algérie. Il devint président de l'Apifa et de la Fenfa (la FEN en Algérie), à la suite de Louis Rigaud, en septembre 1964. Il fut également membre de la commission exécutive de la MGEN à Alger de 1964 à 1966. De 1994 à 1997, il fut président de l'association des Amis de Max Marchand, de Mouloud Feraoun et de leurs compagnons, créée en souvenir des six inspecteurs des centres sociaux éducatifs assassinés par l'OAS.