Karl, petit garçon juif allemand, est enfermé dans un «train de la mort», ceux utilisés par les nazis pendant la Seconde Guerre mondiale pour envoyer les juifs dans les camps de concentration et d'extermination. Là, il tombe amoureux d'Helena, petite fille coincée dans le même wagon. Mais à partir du moment où il est monté dans ce train, son destin est scellé. Le petit garçon meurt dans une chambre à gaz. Après sa mort, Karl entame une conversation avec Shéol. Il découvre comment son destin a été tracé, par l'histoire d'amour de ses parents, Manfred, Allemand, et Elisa, juive d'Algérie, et par celle de son grand-père, Ludwig, avec une jeune femme noire Héréo, un peuple d'Afrique australe de l'actuelle Namibie. Ces trois histoires d'amour sont un prétexte pour décrire la mécanique génocidaire : celle des nazis allemands dans les années 1940 contre les juifs, les Polonais, les Tziganes, mais aussi celle de l'empire colonial allemand qui extermina les Héréros en 1904. Certains historiens considèrent qu'il s'agit du premier génocide du XXe siècle. Anouar Benmalek dévoile au fil des pages la résilience des victimes, l'impossibilité de croire que le pire va arriver. Le père de Karl ne cesse de répéter à sa femme que les Allemands ne peuvent pas être si inhumains, qu'ils ne peuvent être si «idiots», au point de se débarrasser des juifs alors «qu'ils ont besoin de main-d'œuvre». A la lecture de Fils de Shéol, on assiste, impuissant, à la mort lente de ceux qui ont le tort de ne pas être du côté des plus forts.
