69 manuscrits appartenant à l'ancienne medersa franco-musulmane de Tlemcen ont été transférés au musée. La medersa franco-musulmane inaugurée en 1905 par le gouverneur d'Algérie de l'époque, disposait d'un fonds documentaire important, mais dès l'indépendance du pays ces 69 manuscrits ont pu être récupérés et préservés par la Direction de l'éducation qui les avait déposés dans la bibliothèque du lycée Benzerdjeb, puis au lycée d'El Mechouar de Tlemcen. Ces manuscrits, touchant à diverses sciences comme les mathématiques, la grammaire, le fiqh, le tafsir et autres, seront mis à la disposition des étudiants, notamment des chercheurs.