Un “guide pratique” pour l'application de l'ordonnance portant mise en œuvre de la Charte pour la paix et la réconciliation nationale a été mis à la disposition des autorités chargées de son exécution. Le guide, publié par le ministère de la Justice, vise à l'“explication des modalités d'application de l'ordonnance n°06-01 du 27 février 2006” et à l'“identification des étapes du processus ainsi qu'aux mesures pratiques à suivre par les institutions chargées de son exécution”. Le document, divisé en trois chapitres, précise les “cas d'extinction de l'action publique, de grâce, de commutation ou de remise de peine au profit des personnes ayant commis des infractions prévues par les articles 87 bis à 87 bis 5, 87 bis 6 (alinéa 2) à 87 bis 10, ainsi que les faits qui leur sont connexes au sens des dispositions de ladite ordonnance”. Il précise également les “mesures administratives et judiciaires de prise en charge des victimes de la tragédie nationale ainsi que l'aide de l'Etat aux familles démunies éprouvées par l'implication d'un de leurs proches dans le terrorisme”. Il relève aussi les missions confiées aux autorités chargées de l'exécution des dispositions de ladite ordonnance et les décrets présidentiels d'application subséquents.