قدَّم ممدوح إسماعيل، محامي مصري وعضو مجلس الشعب السابق، بلاغًا إلى النائب العام ضد الصحافي إبراهيم عيسى يتهمه فيه بالاستهزاء بالقرآن، والتعدي على الإسلام. وتضمن البلاغ أن الصحافي المذكور كان في برنامجه يتحدث عن الدكتور محمد مرسي رئيس الجمهورية، ثم ذكر قول الله تعالى: (هَلَكَ عَنِّي سُلْطَانِيَه) الحاقة: 29، وهو يسخر بحركات جسده وبكلامه من الآية، ثم قال: (سلطانيَه سلطانيَه، ده سلطانية هو محمد مرسي!). وطالب المحامي بتوقيع الجزاء على الصحافي لتعديه على حرمة كتاب الله عز وجل، ومحاكمته وفق الشريعة، حيث قال أهل العلم: (الاستهزاء بكلام الله وكتابه أو محاولة إسقاط حرمته ومهابته كفر صريح لا ينازع فيه أحد). يذكر أن إبراهيم عيسى مشتهر بعدائه الشديد للإسلاميين، وبجرأته وتطاوله على النصوص، وقد شنَّ هجومًا حادًّا منذ وقت قريب على الحجاب، منكرًا وجود كلمة الحجاب في القرآن والسنة، وزاعمًا أن تعبير الحجاب حديث لم يكن يعرفه الصحابة. وكثيرًا ما يتطفل إبراهيم عيسى على الحديث في الأمور الشرعية رغم أن بضاعته مزجّاة فيها إلى حد أنه أخطأ في قراءة اسم أحد الكتب الشهيرة التي تترجم للصحابة رضوان الله عليهم في برنامج يبث على الهواء، وهو كتاب (أُسْدُ الغابة فقرأه غلطا وجهلا: (أَسَد الغابة)، ورغم هذا إلا أنه دائم الهجوم والنيل من الصحابة رضوان الله عليهم. ولإبراهيم عيسى تاريخٌ طويل في مهاجمة الصحابة والتابعين رضوان الله عليهم، وفي مهاجمة أهل السنة والانتصار للتشيع، ما تسبب في توجيه اتهامات له بالتشيع خاصة بعد ظهوره برداء العزاء الشيعي في برنامج تلفزيوني بعنوان: (الطريق إلى كربلاء)، وإحيائه مرويات التراث الشيعي التي تطعن في قطاع كبير من الصحابة والتابعين. وكان أيضًا ينافح عن إيران بشتى الوسائل حتى إنه لم يسمح بنشر أية آراء أو مقالات تتناول إيران وحزب الله والشيعة عمومًا بالنقد، حتى إنه أقرَّ بذلك ذات مرة حين قال: (إنهم على عينه ورأسه ولن ينتقدهم بمثقال حبة من خردل) بحسب تعبيره، وهو ما تأكد حين رفض نشر المقال الأسبوعي لأحد الكتَّاب البارزين، بسبب انتقاداته لإيران. وسخر كذلك من بعض شعائر الإسلام علانية في حلقات مصورة، كما فعل حين استهزأ بالأذان. وكذلك اعتبر العلماني إبراهيم عيسى أن إساءة الغرب للرسول الكريم صلى الله عليه وآله وسلم من خلال الرسوم الكريكاتورية المسيئة (موضوعٌ شكلي غير مهم!) على حد زعمه.