رغم أن افتتاحه تم قبل سنة إلا أن القطب الجامعي الجديد بالبوني لا يزال يعاني من بعض النقائص ، فربطه بشبكة الإنترنت لم يتم حتى الان وهو ما يكبد موظفي الإدارة عناء التنقل إلى مجمع ابن باديس من أجل تثبيت تسجيلات الطلبة عبر الموقع الإلكتروني المخصص لذلك. من جهة أخرى يعاني هذا القطب الجامعي ، الذي يضم كليتي الطب والعلوم السياسية ، من الانتشار الكبير للفئران في مكاتب الإدارة وبعض الأقسام ، وهو ما أثار غضب الأساتذة والإداريين على حد سواء، خصوصا وأن الجامعة جديدة ومن المفترض أن تكون مجهزة بكافة الوسائل والتجهيزات اللازمة من أجل سير الموسم الجامعي بها على أحسن ما يرام. وفي سياق متصل بالتعليم العالي فإن جل كليات جامعة باجي مختار تعاني من غياب الأساتذة عن حصص التدريس ، وهو ما جعل الطلبة في حيرة من أمرهم أمام هذا الإهمال من الأساتذة الذين من المفترض أن يكونوا قدوة لهم، خصوصا وأنهم فضلوا انشغالاتهم الخاصة من اكمالهم لدراساتهم العليا في الخارج على حساب الطلبة.