أكد منصف المرزوقي في تعقيبه على الأحكام الصادرة بالإعدام من أحد المحاكم الليبية على عدد من رموز نظام القذافي وخاصة الذي شمل البغدادي المحمودي و سيف الإسلام القذافي بأنه خلال اداء مهامه كرئيس جمهورية ، رفض الموافقة على تسليم البغدادي المحمودي حتى ضمان شروط محاكمة عادلة، وأن تسليمه تم بدون علمه ودون موافقة لا مكتوبة ولا شفوية وذلك من طرف رئيس الحكومة والوزراء المباشرين للقضية ، وهو ما أدى الى أزمة في منظومة الحكم حينها أوشكت خلالها على تقديم استقالتي". وأضاف المرزوقي " كنت تقدمت حال علمي بالتسليم بشكوى إلى المحكمة الادارية ضد اجراءات العملية وقضت المحكمة ببطلان الاجراءات وصواب موقفي " كاشفا أنه " سيقوم بنشر هذه الشكوى لاحقا لإنارة الرأي العام في قضية لا تقبل التضليل والتشويه" . كما أشار إلى أنه " عمل طيلة فترة رئاسته على متابعة وضع السجين البغدادي المحمودي في ليبيا من خلال ارسال لجنة اطلعت بشكل منتظم على وضعه في السجن". كما ندد المرزوقي بالأحكام داعيا السلطات الليبية لعدم تنفيذ الحكم لتبعاته السلبية الكثيرة على صورة ليبيا وعلى حظوظ حوار وطني .