قرر المؤتمر الثاني لحزب المؤتمر من أجل الجمهورية التونسي، الشريك في الإئتلاف الحاكم بالبلاد، إسناد صفة الرئيس الشرفي للحزب إلى مؤسسه منصف المرزوقي الذي يتولى حاليا منصب الرئيس المؤقت لتونس. وانتخب الحزب في ختام أعمال مؤتمره العام الثاني، الاثنين، محمد عبو أمينا عاما له، إلى جانب انتخاب أعضاء مكتبه السياسي الذي يتألف من 10 أعضاء، وأعضاء مجلسه الوطني (لجنة مركزية) الذي يتألف من 40 عضوا. وكان منصف المرزوقي استقال من رئاسة الحزب بعد توليه منصب رئيس تونس المؤقت، وذلك في إطار تطبيق مبدأ الفصل بين الحزب والدولة. وتم انتخاب محمد عبو أمينا عاما للحزب ب115 صوتا، مقابل 53 صوتا لمنافسه وليد حدوق عضو المكتب السياسي، في حين انسحب من المنافسة عماد الدايمي عضو المكتب السياسي ومدير مكتب الرئيس التونسي المؤقت. وأكد حزب المؤتمر من أجل الجمهورية في البيان الختامي لمؤتمره العام الثاني تمسكه بتجربة التشارك في الحكم ضمن إطار "الترويكا" على أساس "الديمقراطية" و"النقد النزيه". واعتبر أن البديل عن هذا الإئتلاف الثلاثي الحاكم الذي يتألف من حزب المؤتمر من أجل الجمهورية، وحركة النهضة الإسلامية، وحزب التكتل الديمقراطي من أجل العمل والحريات، "هو الفوضى".