كلف الرئيس المصري عبدالفتاح السيسي السبت 12 سبتمبر2015، شريف اسماعيل وزير البترول والثروة المعدنية في الحكومة المستقيلة بتشكيل الحكومة الجديدة. وقدم محلب استقالة حكومته صباح السبت وقال بيان صادر عن الرئاسة المصرية إن محلب وضع استقالة الحكومة تحت تصرف رئيس الجمهورية الذي قبلها وكلف محلب بتسيير الأعمال لحين تشكيل حكومة جديدة. صحيفة الشروق القريبة أيضا من السلطات المصرية قالت إن أنباء ترددت عن اعتراض السيسي على أداء عدد من الوزراء في الملفات الخدمية، وقضية الفساد في وزارة الزراعة. وتوقعت مصادر للصحيفة أن يتم فصل وزارة الزراعة عن استصلاح الأراضي ومنح سلطات تخصيص الأراضي إلى مركز تخطيط واستخدامات أراضي الدولة التابع لمجلس الوزراء. وكان اجتماع لمجلس الوزراء برئاسة محلب، عقد الخميس، قد شهد نقاشا مطولا استمر ل 8 ساعات، حول وضع الحكومة بعد الهجوم الإعلامي على أدائها، واتهام بعض أعضائها بالتورط في قضايا فساد. وفي الأسبوع الماضي أقيل وزير الزراعة واستصلاح الأراضي صلاح هلال وألقي القبض عليه في قضية فساد.