رخصت وزراة التعليم العالي والبحث العلمي لخريجي المدرسة الوطنية للادارة لدفعات من 2005 إلى 2009 المحسوبين على النظام الكلاسيكي بمواصلة التعليم العالي في إطار ماستر دكتوراه، وطالبت مسؤولي الجامعات عبر الوطن بتمكين هؤلاء من التسجيل في مراحل التكوين المذكورة. ووجهت وزراة التعليم العالي والبحث العلمي مراسلة إلى مديري مؤسسات التعليم العالي تخص إجازة المدرسة الوطنية للادارة تحت رقم 545\ا ع\2018 موضحة في تعليمتها أن هناك تباين في تعامل مؤسسات التعليم العالي مع إجازة المدرسة الوطنية للادارة بخصوص تمكين حائزها من الترشح لمواصلة التكوين فيما بعد التدرج أو في الماستر والدكتوراه، حيث جرت العادة على تسجيل خريجي هذه المدرسة في مراحل التكوين المذكورة من قبل مؤسسات عدة. في حين تمنع أخرى عن تسجيلهم أو تطالبهم بإثبات معادلة شهاداتهم لليسانس وذكرت وزراة التعليم العالي أن سلطة الوصاية على المدرسة الوطنية للادارة اسندت إلى وزير التعليم العالي والبحث العلمي بموجب الرسوم 87\270 المؤرخ في 15ديسبمبر 1987 ولم يتم إسنادها إلى وزير الداخلية والجماعات المحلية سوى في نوفمبر 2005 بموجب المرسوم الرئاسي رقم 05\440 المؤرخ في 12 نوفمبر 2006، ونتيجة لهذا الوضع القانوني وإلى غاية السنة الدراسية 2005\2006 كان تسجيل الطلبة في المدرسة الوطنية للادارة كمؤسسة من مؤسسات التعليم العالي يتم وفقا للمنشور الوزاري المتعلق بتوجيه حاملي البكالوريا الجدد بعنوان كل سنة جامعية، سواء عن طريق مسابقة وطنية أو على اساس اشتراط معدل معين، بما يضمن انتقاء مترشحين يتناسب ونظام التكوين النوعي الخاص بهذه المؤسسة. وأوضحت وزراة التعليم العالي والبحث العلمي أنه تماشيا مع ذلك ادرجت إجازة المدرسة الوطنية للادارة ضمن شهادات التدرج طويلة المدى التي تخول لحائزها الالتحاق بالتكوين لنيل شهادة الماجستير طبقا لاحكام المادة 5 من القرار رقم 90 المؤرخ في 12 افريل 2003 الذي يحدد كيفيات تنظيم مسابقة الالتحاق بالتكوين لنيل شهادة الماجستير.