ولد عبد الفتاح يونس في منطقة الجبل الأخضر عام 1944، وهو ينتمي إلى قبيلة العبيدات، أكبر القبائل الليبية في شرق البلاد. والتحق بحركة الضباط الوحدويين الأحرار التي كانت تعد لانقلاب عسكري بهدف إسقاط الملكية الليبية، وكان ليونس آنذاك دور مهم، حيث تولى مهمة اقتحام إذاعة بنغازي الرئيسية في ليلة الانقلاب عام .1969 وعند تأسيس العقيد معمر القذافي الجماهيرية الليبية حصل يونس على مناصب رفيعة ومهمة في السلك العسكري، أهمها رئاسة القوات الخاصة الليبية التي قادها في حرب ليبيا مع مصر والصراع الليبي التشادي. وفي عام 2009 تولى حقيبة وزارة الداخلية، وبقي في هذا المنصب إلى أن أعلن استقالته وانضم للمعارضة في وقت لاحق لإعلان مصطفى عبد الجليل وزير العدل السابق انشقاقه عن نظام القذافي. ونقل وقتها أنه رفض تنفيذ أوامر بقمع المتظاهرين الليبيين. ويوصف اللواء عبد الفتاح يونس بأنه ''ظل'' القذافي في ليبيا، فإذا كان العقيد جالسا في خيمته، فعبد الفتاح هو القذافي الذي يتجول في الشارع.