قال خامنئي في خطبة بمناسبة عيد الفطر بثها التلفزيون الرسمي مباشرة الجمعة "اننا قلقون لما يحصل في مصر" مشيرا الى ان "احتمال اندلاع حرب اهلية يزداد كل يوم.. ما يشكل كارثة".ودعا "الشعب المصري والمسؤولين السياسيين والدينيين والمفكرين الى ان يدركوا مخاطر استمرار هذا الوضع".كما ندد ب"المجزرة بحق الشعب واستخدام لغة القوة من قبل المجموعات غير الشعبية حيال بعضها البعض" محذرا من تدخل دول اجنبية.وقال "اذا اندلعت الحرب الاهلية فلن يستطيع شيء ان يوقفها".والعلاقات الدبلوماسية مقطوعة بين ايران ومصر منذ اكثر من ثلاثين عاما بسبب اتفاق السلام الموقع بين مصر واسرائيل وبالرغم من تحسن العلاقات بين البلدين بعد سقوط نظام الرئيس السابق حسني مبارك الا انهما لم يستأنفا العلاقات الدبلوماسية ولا سيما بسبب خلافهما حول النزاع في سوريا.