انتهى الانقلاب العسكري في بوركينا فاسو، ورحل منفذوه بنفس السرعة التي جاؤوا بها وعادت الأوضاع إلى نصابها برجوع السلطة الانتقالية إلى واغادوغو أسبوعين قبل موعد تنظيم الانتخابات العامة التي ستضع نهاية لمرحلة انتقالية عمّرت عاما واحدا. وانتهى الجنرال جيلبيرت ديونديري، ومعه قوة الأمن الرئاسي التي اعتمد على عناصرها ال1300 لقيادة الانقلاب العسكري بعد أن تم حلّها في أول قرار اتخذه مجلس الوزراء الذي إشرف عليه الرئيس الانتقالي ميشال كافاندو، مباشرة بعد إذعان زعيم الانقلابيين للضغوط التي فرضها عليه قادة الجيش الآخرون الذين رفضوا الانقلاب وأمروا الانقلابيين بالاستسلام ووضع أسلحتهم. وشكلت هذه القوة دولة داخل دولة في بوركينا فاسو، بعد أن أبقت على ولائها للرئيس المخلوع بليز كامباوري، وأصبح ينظر إليها في أوساط قيادات الجيش الآخرين بعين الريبة بسبب الصلاحيات التي منحتها لنفسها والمعدات الحربية التي تتوفر عليها وهو ما جعلها لا تخضع لسلطة قيادة الجيش الفعلية، وتحولت إلى تهديد حقيقي للسلطات السياسية في هذا البلد ما لبث أن تأكد فعلا يوم 16 سبتمبر، بإقدامها على تنفيذ انقلابها على الحكومة الانتقالية. كما أقال مجلس الوزراء في اجتماعه الوزير المنتدب للأمن سيدي باري، بعد تأكد تورطه مع الانقلابيين الذين شكلوا ما عرف بالمجلس الوطني من أجل الديمقراطية، بالإضافة إلى إقالة رئيس هيئة أركان الجيش في الرئاسة العقيد بوريما كيري، والذي شغل أيضا منصب رئيس ديوان الرئيس المخلوع بليز كامباوري. كما تم الاتفاق على تشكيل لجنة أمنية للتحقيق في الملابسات التي أحاطت بعملية الانقلاب وتحديد المسؤوليات، ومعرفة منفذيه والمتواطئين معهم المدنيين منهم والعسكريين. وتكون هذه أول تجربة في القارة الإفريقية يتم بمقتضاها إنهاء انقلاب في ظرف أسبوعين فقط بعد وقوعه، إذ كثيرا ما كانت هذه الانقلابات تنتهي إلى حروب أهلية مدمرة وحالة لا استقرار سياسي مازالت تبعاتها قائمة إلى حد الآن. ولولا تحرك فيالق الجيش البوركينابي الذي بقي وفيا للسلطات الانتقالية باتجاه العاصمة واغادوغو، وإدراك الجنرال جيلبريت ديونديري، لرسالة ذلك التحرك لدخلت بوركينا فاسو في حرب أهلية مدمرة هي في غنى عنها.