اتهمت مصادر سياسية سودانية جنوب السودان باستمرار دعم متمردي الجبهة الثورية وحركات دارفور داخل الأراضي السودانية رغم اتفاقية التعاون المشترك بين السودان وجنوب السودان والمصفوفة التي أعلنت لتجاوز العقبات العالقة بين البلدين، وذكرت وكالة السودان للأنباء أن جهاز الأمن والمخابرات الوطني أكدا أن جوبا دعمت المتمردين ضد الخرطوم عقب اتفاق التعاون بأعداد من سيارات الدفع الرباعي، كما شمل الدعم توفير كميات من الأسلحة والذخائر واستمرار عمليات التدريب بمعسكرات راجا وطمبرة ومناطق نيم وفارينق بولاية الوحدة في مسعى لتكوين قوة أخرى والدفع بها إلى داخل السودان، كما اتهم جهاز الأمن والمخابرات الوطني حكومة جنوب السودان باستخراج وثائق سفر اضطرارية لعدد من جرحى حركات التمرد ممن تم إخلاؤهم من جنوب كردفان ونقلتهم إلى مستشفيات ببعض الدول الأفريقية، هذا بالإضافة إلى تخصيص منازل ببعض أحياء العاصمة جوبا لاستضافة قادة ميدانيين وعسكريين من حركات دارفور وقطاع الشمال، ووفقا للمصادر فإن الخرطوم سبق أن لفتت نظر جوبا مرارا لخروقاتها في شأن دعم المتمردين مع تأكيدها على التزام السودان بإنفاذ ما يليه من التزامات تتعلق باتفاق التعاون والمصفوفة بكافة بنودها الأمنية أو تلك المرتبطة بملف النفط.